LXL04_018776 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018776

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 18112146-18116452 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1773 bp · LXL04_018776|LXL04_018776|OH1004|cDNA

ATGTTCATCATCAACCTCAATTCGAAAGAAAATATGTTCTTATCCCCACTAATCATGTGTCTTCTTATGTTCTGCTTTTACCTAATCAAAAAAAGTTCACGTAAAGTTTACTTGATAGATTTCGCTTGTTACAAGCCTCCAAATTCTCATAAGTGCACTAAAGAGAACACATTGAAGAAAGCAAGAGATGGTGGACGTGTCTCCGAAGGGACACTAGATTTCATGAAAAATTTACTAGAAAGATCGGGGCTTGGTGACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1773 bp · LXL04_018776|LXL04_018776|OH1004|CDS

ATGTTCATCATCAACCTCAATTCGAAAGAAAATATGTTCTTATCCCCACTAATCATGTGTCTTCTTATGTTCTGCTTTTACCTAATCAAAAAAAGTTCACGTAAAGTTTACTTGATAGATTTCGCTTGTTACAAGCCTCCAAATTCTCATAAGTGCACTAAAGAGAACACATTGAAGAAAGCAAGAGATGGTGGACGTGTCTCCGAAGGGACACTAGATTTCATGAAAAATTTACTAGAAAGATCGGGGCTTGGTGACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

590 aa · LXL04_018776|LXL04_018776|OH1004|PROTEIN

MFIINLNSKENMFLSPLIMCLLMFCFYLIKKSSRKVYLIDFACYKPPNSHKCTKENTLKKARDGGRVSEGTLDFMKNLLERSGLGDSTYLPDIFFDEDPTPCLKDSRREMEMAIFGSIDMLLAKTSIKIEDIGIVIVNCCIYTTMPSLSSIIVNKYNLRDDVISYNLSGMGCSAGLLSISLAKHLLQIHQNTYALIVSTESIAENCYIGDDLSKFIVNCLFRVGGAAVLLSNCSSDHQNSKYCLLHTVQNNTSRSNRSYN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018776`
TK1151 ID	TkA08G082650
OH-1004 ID	LXL04_018776
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	88.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.078 / OH-1004 70.339 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018776

位置 Chr04:18112146-18116452 (+)

描述 Similar to KCS11: 3-ketoacyl-CoA synthase 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26640`	对饱和和单不饱和酰基链 C16 至 C20 均具有活性。	Substrate specificity of Arabidopsis 3-ketoacyl-CoA synthases.2006 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2006.05.162
`At1g04220`	介导从22到26个碳长度（如C22、C24、C26）超长链脂肪酸（VLCFAs）的合成。	Specific and differential inhibition of very-long-chain fatty acid elongases from Arabidopsis thaliana by different herbicides.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0404600101 The DAISY gene from Arabidopsis encodes a fatty acid elongase condensing enzyme involved in the biosynthesis of aliphatic suberin in roots and the chalaza-micropyle region of seeds.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03674.x Two Arabidopsis 3-ketoacyl CoA synthase genes, KCS20 and KCS2/DAISY, are functionally redundant in cuticular wax and root suberin biosynthesis, but differentially controlled by osmotic stress.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03973.x
`At5g43760`	介导从22到26个碳长度（如C22、C24、C26）超长链脂肪酸（VLCFAs）的合成。	Specific and differential inhibition of very-long-chain fatty acid elongases from Arabidopsis thaliana by different herbicides.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0404600101
`At1g19440`	3-酮酰辅酶A合成酶 4。	暂无已核实直接文献
`At2g16280`	参与C22至C24脂肪酸的延长；这些脂肪酸是角质层蜡、脂肪族木栓质及包括鞘脂和磷脂在内的膜脂的生物合成前体。	Arabidopsis 3-ketoacyl-coenzyme a synthase9 is involved in the synthesis of tetracosanoic acids as precursors of cuticular waxes, suberins, sphingolipids, and phospholipids.2013 · DOI: 10.1104/pp.112.210450

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018776 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000038 very long-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0160062 cutin-based cuticle development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04220

ath:AT1G19440

ath:AT2G16280

ath:AT2G26640

ath:AT5G43760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.513

排名 1 · LXL04_018776 · OH-1004

细胞质0.096

排名 2 · LXL04_018776 · OH-1004

细胞膜0.087

排名 3 · LXL04_018776 · OH-1004

质体0.084

排名 4 · LXL04_018776 · OH-1004

细胞核0.076

排名 5 · LXL04_018776 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08392.19FAE1_CUT1_RppA31-316 aa

PF08541.17ACP_syn_III_C334-415 aa

PF02797.22Chal_sti_synt_C337-410 aa

PF00125.31Histone475-558 aa

PF16211.11Histone_H2A_C560-589 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018776	`PF08392.19`	FAE1_CUT1_RppA	31	316	2.1e-106	356.2
LXL04_018776	`PF08541.17`	ACP_syn_III_C	334	415	3.5e-13	50.2
LXL04_018776	`PF02797.22`	Chal_sti_synt_C	337	410	5.7e-08	33.6
LXL04_018776	`PF00125.31`	Histone	475	558	1.2e-18	68.0
LXL04_018776	`PF16211.11`	Histone_H2A_C	560	589	3.2e-10	40.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48780`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA synthase 11	49.763%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5XEP9`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA synthase 2	49.767%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FG87`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA synthase 20	50.120%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LN49`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA synthase 4	46.244%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SIX1`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA synthase 9	47.304%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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