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基因概览

LXL04_018728

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 17329705-17330584 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

556 bp · LXL04_018728|LXL04_018728|OH1004|cDNA

TGATTCTTTGTAGATGGGTACCAAGGTGAAAGGTTTTTTCAAAGGCCTCAAAAACATCTCAAATATTTTCGATGatgatgaaaaagaagaagaaatacAGATCGGTATGCCCACGGACGTGAAACATGTTGCTCATATCGGTGCTGATGGACCAGCCGTCGAATCTCCTAGTTGGATGAAGGATTTTGATACCGGGAAAAGTCAGTCAGGACCAATGGGACAAAACCCTTATATTCAAAAAGGTACAAATAATAACCATA...

CDS

下载 CDS FASTA

543 bp · LXL04_018728|LXL04_018728|OH1004|CDS

ATGGGTACCAAGGTGAAAGGTTTTTTCAAAGGCCTCAAAAACATCTCAAATATTTTCGATGATGATGAAAAAGAAGAAGAAATACAGATCGGTATGCCCACGGACGTGAAACATGTTGCTCATATCGGTGCTGATGGACCAGCCGTCGAATCTCCTAGTTGGATGAAGGATTTTGATACCGGGAAAAGTCAGTCAGGACCAATGGGACAAAACCCTTATATTCAAAAAGGTACAAATAATAACCATAGGATTTCTCGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

180 aa · LXL04_018728|LXL04_018728|OH1004|PROTEIN

MGTKVKGFFKGLKNISNIFDDDEKEEEIQIGMPTDVKHVAHIGADGPAVESPSWMKDFDTGKSQSGPMGQNPYIQKGTNNNHRISRSEELPRDPPEKPKQHRHRHHRSIDSDSDSQTSTRSKHTRRHRIRRSKDKGDESTKLPDIPKRSRRKKPNDDDVSVKSTQSQDTASLCSEPPSDL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018728`
TK1151 ID	TkA08G080090
OH-1004 ID	LXL04_018728
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018728

位置 Chr04:17329705-17330584 (-)

描述 Similar to RIC1: CRIB domain-containing protein RIC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33460`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	暂无已核实直接文献
`At1g04450`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	A genome-wide analysis of Arabidopsis Rop-interactive CRIB motif-containing proteins that act as Rop GTPase targets.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010218 A Rho family GTPase controls actin dynamics and tip growth via two counteracting downstream pathways in pollen tubes.2005 · DOI: 10.1083/jcb.200409140
`At3g23380`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	暂无已核实直接文献
`At4g28556`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	暂无已核实直接文献
`At2g20430`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018728 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程

GO:0007204 positive regulation of cytosolic calcium ion concentration 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程

GO:0017157 regulation of exocytosis 生物过程

GO:0030834 regulation of actin filament depolymerization 生物过程

GO:0031122 cytoplasmic microtubule organization 生物过程

GO:0050848 regulation of calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0050850 positive regulation of calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0051650 establishment of vesicle localization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04450

ath:AT2G20430

ath:AT2G33460

ath:AT3G23380

ath:AT4G28556

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.501

排名 1 · LXL04_018728 · OH-1004

细胞膜0.375

排名 2 · LXL04_018728 · OH-1004

细胞核0.304

排名 3 · LXL04_018728 · OH-1004

线粒体0.041

排名 4 · LXL04_018728 · OH-1004

内质网0.036

排名 5 · LXL04_018728 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IVV0`	拟南芥	CRIB domain-containing protein RIC1	50.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4I5N6`	拟南芥	CRIB domain-containing protein RIC3	43.382%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4J424`	拟南芥	CRIB domain-containing protein RIC5	52.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q1G3K8`	拟南芥	CRIB domain-containing protein RIC7	39.665%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1PF35`	拟南芥	CRIB domain-containing protein RIC6	36.932%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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