LXL04_018718 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018718

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 17271006-17272157 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

933 bp · LXL04_018718|LXL04_018718|OH1004|cDNA

ATGGCTTCACCGGAAAGTCAtctcctcctccacctcctcctcctctcCCTCCATTTCTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCGGTTCTCACAAGCTTAATCTACAAAGGCTGTGCAAACCAGAATTTCCAAGACCCCGTCGCATCTGAAAACCTCAAATCCCTTTTCACAGCCCTAGTTTCCCAATCCTCCACCAATTTCTACAAAGCAACCTCCGGTGGAAGTTCCCAAGCAACGACCTCCATCACAGGCCTTTACCAGTGCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

933 bp · LXL04_018718|LXL04_018718|OH1004|CDS

ATGGCTTCACCGGAAAGTCATCTCCTCCTCCACCTCCTCCTCCTCTCCCTCCATTTCTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCGGTTCTCACAAGCTTAATCTACAAAGGCTGTGCAAACCAGAATTTCCAAGACCCCGTCGCATCTGAAAACCTCAAATCCCTTTTCACAGCCCTAGTTTCCCAATCCTCCACCAATTTCTACAAAGCAACCTCCGGTGGAAGTTCCCAAGCAACGACCTCCATCACAGGCCTTTACCAGTGCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

310 aa · LXL04_018718|LXL04_018718|OH1004|PROTEIN

MASPESHLLLHLLLLSLHFSSSAAAAVLTSLIYKGCANQNFQDPVASENLKSLFTALVSQSSTNFYKATSGGSSQATTSITGLYQCRGDLSNTDCNTCVKKLPNTIQKVCERDTIAARVQLAGCYMRYEVVGFQQVPATELLYKQCGSGRASGSGFSERLESALSMIPKGVSNGKGYYAGGYQSVYVLGQCEGDLGGGECANCVKNAAEVGIRECQTSISGHIYLQQCYISYTYYPNGVPGAGDGGVGIGGVETAAAERD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018718`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018718

位置 Chr04:17271006-17272157 (-)

描述 Similar to PDLP2: Plasmodesmata-located protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04520`	调节细胞间的运输。	暂无已核实直接文献
`At2g33330`	调节细胞间的运输。	暂无已核实直接文献
`At5g43980`	调节细胞间的运输。	The plasmodesmal protein PDLP1 localises to haustoria-associated membranes during downy mildew infection and regulates callose deposition.2014 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1004496
`At3g04370`	调节细胞间的运输。	暂无已核实直接文献
`At5g37660`	调节细胞间的运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018718 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程

GO:0046739 transport of virus in multicellular host 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0001872 (1->3)-beta-D-glucan binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04520

ath:AT2G33330

ath:AT3G04370

ath:AT5G37660

ath:AT5G43980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.796

排名 1 · LXL04_018718 · OH-1004

细胞外0.095

排名 2 · LXL04_018718 · OH-1004

内质网0.082

排名 3 · LXL04_018718 · OH-1004

细胞质0.077

排名 4 · LXL04_018718 · OH-1004

细胞核0.034

排名 5 · LXL04_018718 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01657.23Stress-antifung43-129 aa

PF01657.23Stress-antifung151-233 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018718	`PF01657.23`	Stress-antifung	43	129	5.4e-28	98.3
LXL04_018718	`PF01657.23`	Stress-antifung	151	233	5.4e-28	98.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NM73`	拟南芥	Plasmodesmata-located protein 2	47.020%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22784`	拟南芥	Plasmodesmata-located protein 3	43.871%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GXV7`	拟南芥	Plasmodesmata-located protein 1	43.151%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6E263`	拟南芥	Plasmodesmata-located protein 4	28.834%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WPN8`	拟南芥	Plasmodesmata-located protein 7	32.599%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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