LXL04_018577 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018577

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 15004433-15007949 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2115 bp · LXL04_018577|LXL04_018577|OH1004|cDNA

ATGAAGAAGGCGCTACTGCCTGTGAAAAGTATCAGCAAGGAGACGAAAATTTCCGGGAAAGAAGCTCTAACAAAGCTCTTGAGATGGCATTTTGGGCATCCGGAGTATCGAGGAAAGCAACTGGAAGCCATCGAAGCTGTTCTATCCGGAACAGATTGTTTCTGTCTAATGTCGACTGGTGGTGGGAAGTCAATTTGTTATCAAATCCCTGCCCTAGCAAAACGGGGCATTGTGCTTGTTGTTTCTCCTTTAATAGGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2115 bp · LXL04_018577|LXL04_018577|OH1004|CDS

ATGAAGAAGGCGCTACTGCCTGTGAAAAGTATCAGCAAGGAGACGAAAATTTCCGGGAAAGAAGCTCTAACAAAGCTCTTGAGATGGCATTTTGGGCATCCGGAGTATCGAGGAAAGCAACTGGAAGCCATCGAAGCTGTTCTATCCGGAACAGATTGTTTCTGTCTAATGTCGACTGGTGGTGGGAAGTCAATTTGTTATCAAATCCCTGCCCTAGCAAAACGGGGCATTGTGCTTGTTGTTTCTCCTTTAATAGGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

704 aa · LXL04_018577|LXL04_018577|OH1004|PROTEIN

MKKALLPVKSISKETKISGKEALTKLLRWHFGHPEYRGKQLEAIEAVLSGTDCFCLMSTGGGKSICYQIPALAKRGIVLVVSPLIGERSSTIIWMFIKVEPCTTQCFPWFSLENQVMALKEKGVAAEYLSSTQTSQVRNKIHGELESGNPSIRLLYVTPELIATAGFMSKLTKLHSRGLLNLIAIDEAHCISTWGHDFRPSYRKLASLRKRLPDIPILALTATAVPKVQVDVIESLNMQNPLVLMSSFNRPNIHYEVRFK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018577`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018577

位置 Chr04:15004433-15007949 (+)

描述 Similar to RECQL3: ATP-dependent DNA helicase Q-like 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35740`	3'-5' DNA 解旋酶，可能在 DNA 修复中发挥作用。	Biochemical characterization of AtRECQ3 reveals significant differences relative to other RecQ helicases.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.144709

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018577 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000731 DNA synthesis involved in DNA repair 生物过程

GO:0000732 DNA strand displacement 生物过程

GO:0006259 DNA metabolic process 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G35740

cel:CELE_T04A11.6

dme:Dmel_CG6920

hsa:9400

mmu:170472

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.864

排名 1 · LXL04_018577 · OH-1004

细胞质0.184

排名 2 · LXL04_018577 · OH-1004

线粒体0.046

排名 3 · LXL04_018577 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 4 · LXL04_018577 · OH-1004

内质网0.013

排名 5 · LXL04_018577 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD40-84 aa

PF00270.36DEAD129-225 aa

PF00271.38Helicase_C269-373 aa

PF16124.11RecQ_Zn_bind387-453 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018577	`PF00270.36`	DEAD	40	84	1.2e-17	64.8
LXL04_018577	`PF00270.36`	DEAD	129	225	1.2e-17	64.8
LXL04_018577	`PF00271.38`	Helicase_C	269	373	3.6e-18	66.5
LXL04_018577	`PF16124.11`	RecQ_Zn_bind	387	453	1.4e-12	48.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FT72`	拟南芥	ATP-dependent DNA helicase Q-like 3	58.449%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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