LXL04_018531 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018531

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 14305284-14309562 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2532 bp · LXL04_018531|LXL04_018531|OH1004|cDNA

CATTTTCGGACATTGCTAAAAGATCCGATTCACACTTTCGGTTCTACCCGGTTTGCCCCATCAAAGCTTTATCATCAACAAGACGAAAAACCGGAGCCAACACTCCAGGCTCTGATGCTCGTTGTCACCCTTCCATGCTCAACCATGGTGGTTCGAACGGTAAATTCAATATCACTCCTCAGGTCCTCTTCTCCGCCACATCCCCTGCCATTTCCAGCGTTCCGGTACCACCAAATTCGAGCTTATCAGTATTTGCAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2520 bp · LXL04_018531|LXL04_018531|OH1004|CDS

TTGCTAAAAGATCCGATTCACACTTTCGGTTCTACCCGGTTTGCCCCATCAAAGCTTTATCATCAACAAGACGAAAAACCGGAGCCAACACTCCAGGCTCTGATGCTCGTTGTCACCCTTCCATGCTCAACCATGGTGGTTCGAACGGTAAATTCAATATCACTCCTCAGGTCCTCTTCTCCGCCACATCCCCTGCCATTTCCAGCGTTCCGGTACCACCAAATTCGAGCTTATCAGTATTTGCAGCTCTCTCGTGTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

839 aa · LXL04_018531|LXL04_018531|OH1004|PROTEIN

MLKDPIHTFGSTRFAPSKLYHQQDEKPEPTLQALMLVVTLPCSTMVVRTVNSISLLRSSSPPHPLPFPAFRYHQIRAYQYLQLSRVSIRNPMVFGYHNIKSGRSRSYSIQSFVDTVLEEFEALRRRRTVRASNKSVLTSSKELVEDKLRKQVLQKGLLLEFKKDTDRILLAVVQKPDGRKNWIVSDQNGVSTSIKPQQITYIVPGVDNFNTTEISDFNQRAQNNLDPALLEFAWMELLETNKSVTVEELAEMIFGSAAPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018531`
TK1151 ID	TkA08G066610
OH-1004 ID	LXL04_018531
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.526 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018531

位置 Chr04:14305284-14309562 (+)

描述 Similar to RNR1: Ribonuclease II, chloroplastic/mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02250`	3'-5' 外核糖核酸酶，催化叶绿体和线粒体核糖体RNA的3'端成熟；降解短核苷酸延伸部分以生成成熟的3'-末端。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018531 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000175 3'-5'-RNA exonuclease activity 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0004540 RNA nuclease activity 分子功能

GO:0008859 exoribonuclease II activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G02250

bsu:BSU33610

cmu:TC_0676

ctr:CT_397

syn:sll1290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.797

排名 1 · LXL04_018531 · OH-1004

线粒体0.250

排名 2 · LXL04_018531 · OH-1004

细胞质0.027

排名 3 · LXL04_018531 · OH-1004

细胞核0.026

排名 4 · LXL04_018531 · OH-1004

过氧化物酶体0.010

排名 5 · LXL04_018531 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23163.2CSD_RNase_II153-214 aa

PF25255.2WHD_RNase_II217-295 aa

PF23161.2HTH_RNase_II296-399 aa

PF00773.26RNB433-728 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018531	`PF23163.2`	CSD_RNase_II	153	214	3.6e-27	94.8
LXL04_018531	`PF25255.2`	WHD_RNase_II	217	295	5.1e-30	104.1
LXL04_018531	`PF23161.2`	HTH_RNase_II	296	399	4.3e-28	98.7
LXL04_018531	`PF00773.26`	RNB	433	728	2.8e-76	257.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NQJ6`	拟南芥	Ribonuclease II, chloroplastic/mitochondrial	65.711%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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