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基因概览

LXL04_018467

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 13360685-13363679 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1956 bp · LXL04_018467|LXL04_018467|OH1004|cDNA

ATGACAACCGGTGGCGCCACCCCCCAATCCACCACCGGCAGTCCACGATTCGGGGGTGTATCAGCCCACCGCCGCCGTGTCTTAGAACAAACAACCGATGTCGCGGCGGCATCCACAGACTCCGACGCTGTCAACACAATGGGACACCCACTCCCCCACCCCCACCCCCTCCACCTCCATCAACATCAGCAACCGGAGAAACACCGGCATCAGAACATCAACGATTGTATCGCGGAAGCTGCCGTTGATTGCTTTCGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1956 bp · LXL04_018467|LXL04_018467|OH1004|CDS

ATGACAACCGGTGGCGCCACCCCCCAATCCACCACCGGCAGTCCACGATTCGGGGGTGTATCAGCCCACCGCCGCCGTGTCTTAGAACAAACAACCGATGTCGCGGCGGCATCCACAGACTCCGACGCTGTCAACACAATGGGACACCCACTCCCCCACCCCCACCCCCTCCACCTCCATCAACATCAGCAACCGGAGAAACACCGGCATCAGAACATCAACGATTGTATCGCGGAAGCTGCCGTTGATTGCTTTCGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

651 aa · LXL04_018467|LXL04_018467|OH1004|PROTEIN

MTTGGATPQSTTGSPRFGGVSAHRRRVLEQTTDVAAASTDSDAVNTMGHPLPHPHPLHLHQHQQPEKHRHQNINDCIAEAAVDCFRSYTAIHQQSHHHHSIITNNNLNRKGSIEICNYGKVRYNLRRTVLGILILLVGLSVFVKFSYMATSSVAAMEEEVVGRRRGSNSQMLILRDYKRDIIKAQRALADIVSSTSSMPKRVYEKSHYNPVPEIWMKSNSSRYHQCIARPRNQSKSSSITNGYLLVHANGGLNQMRTGIC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018467`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018467

位置 Chr04:13360685-13363679 (-)

描述 Similar to OFUT28: O-fucosyltransferase 28

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54100`	O-富糖基转移酶 28。	暂无已核实直接文献
`At2g37980`	O-糠基转移酶 19。	暂无已核实直接文献
`At5g01100`	糖基转移酶，维持正常细胞粘附和细胞壁完整性所必需。	The FRIABLE1 gene product affects cell adhesion in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0042914
`At5g35570`	O-岩藻糖转移酶35。	暂无已核实直接文献
`At5g15740`	糖基转移酶参与种皮粘液中鼠李糖半乳糖醛酸 I 寡糖的形成，种皮粘液是一种含有丰富 RG-I 的特殊细胞壁。	Pectin RG-I rhamnosyltransferases represent a novel plant-specific glycosyltransferase family.2018 · DOI: 10.1038/s41477-018-0217-7

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018467 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006004 fucose metabolic process 生物过程

GO:0007155 cell adhesion 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0010395 rhamnogalacturonan I metabolic process 生物过程

GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0080157 regulation of plant-type cell wall organization or biogenesis 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37980

ath:AT3G54100

ath:AT5G01100

ath:AT5G15740

ath:AT5G35570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.688

排名 1 · LXL04_018467 · OH-1004

细胞膜0.138

排名 2 · LXL04_018467 · OH-1004

内质网0.090

排名 3 · LXL04_018467 · OH-1004

细胞质0.070

排名 4 · LXL04_018467 · OH-1004

细胞核0.040

排名 5 · LXL04_018467 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10250.16O-FucT243-558 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018467	`PF10250.16`	O-FucT	243	558	1.1e-107	361.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M393`	拟南芥	O-fucosyltransferase 28	66.602%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SH89`	拟南芥	O-fucosyltransferase 19	65.019%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LFC6`	拟南芥	Protein FRIABLE 1	59.885%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94BY4`	拟南芥	O-fucosyltransferase 35	63.942%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q4V398`	拟南芥	Rhamnogalacturonan I rhamnosyltransferase 1	49.495%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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