LXL04_018430 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018430

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 12813322-12815504 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1602 bp · LXL04_018430|LXL04_018430|OH1004|cDNA

ATGGGTAATTGTTGCGCTACACCCTCGACGACAGATACCGAGAGTAAAAAGGGCAAAAGCAAGCCAAATCCATTTTCCCTAGATTATACTGGCCCCAATACATCACGACCTACTGGTTACAAATCATCTGTACTCGAAAACCCTACCGGACATGAAATCGAGCAAACGTATGTACTCGGTAAGGAGATGGGTAGAGGCGAATTCGGAATTACATACATGTGTACTAATAAAACCACCGGCGAAGTTCTAGCCTGTAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1602 bp · LXL04_018430|LXL04_018430|OH1004|CDS

ATGGGTAATTGTTGCGCTACACCCTCGACGACAGATACCGAGAGTAAAAAGGGCAAAAGCAAGCCAAATCCATTTTCCCTAGATTATACTGGCCCCAATACATCACGACCTACTGGTTACAAATCATCTGTACTCGAAAACCCTACCGGACATGAAATCGAGCAAACGTATGTACTCGGTAAGGAGATGGGTAGAGGCGAATTCGGAATTACATACATGTGTACTAATAAAACCACCGGCGAAGTTCTAGCCTGTAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

533 aa · LXL04_018430|LXL04_018430|OH1004|PROTEIN

MGNCCATPSTTDTESKKGKSKPNPFSLDYTGPNTSRPTGYKSSVLENPTGHEIEQTYVLGKEMGRGEFGITYMCTNKTTGEVLACKSISKNKLRTRVDIEDVRREVEIMKHMPPHVNIVSLRDTYEDDNAVHLVMELCEGGELFDRIVARGHYTERAAAGVIRTIVEVIQMCHKHGVMHRDLKPENFLYANKKETAALKVIDFGLSVIFKPGERFNEIVGSPYYMAPEVLKRNYGPEIDVWSAGVILYILLCGVPPFWAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018430`
TK1151 ID	TkA08G059610
OH-1004 ID	LXL04_018430
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018430

位置 Chr04:12813322-12815504 (+)

描述 Similar to CPK8: Calcium-dependent protein kinase 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19450`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g12480`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g57530`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	Arabidopsis calcium-dependent protein kinase AtCPK32 interacts with ABF4, a transcriptional regulator of abscisic acid-responsive gene expression, and modulates its activity.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.069757
`At2g41860`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0568600`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018430 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0004698 calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41860

ath:AT3G57530

ath:AT5G12480

ath:AT5G19450

dosa:Os07g0568600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.569

排名 1 · LXL04_018430 · OH-1004

细胞质0.351

排名 2 · LXL04_018430 · OH-1004

细胞核0.217

排名 3 · LXL04_018430 · OH-1004

高尔基体0.057

排名 4 · LXL04_018430 · OH-1004

内质网0.053

排名 5 · LXL04_018430 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase57-315 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr59-310 aa

PF03109.23ABC1133-211 aa

PF14531.13Kinase-like152-303 aa

PF13499.13EF-hand_7363-421 aa

PF13405.13EF-hand_6363-391 aa

PF24548.2EF_EFCAB10_C365-413 aa

PF13833.13EF-hand_8375-424 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018430	`PF00069.32`	Pkinase	57	315	2.9e-78	263.6
LXL04_018430	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	59	310	1.5e-25	90.7
LXL04_018430	`PF03109.23`	ABC1	133	211	3.2e-06	27.2
LXL04_018430	`PF14531.13`	Kinase-like	152	303	1.7e-07	31.5
LXL04_018430	`PF13499.13`	EF-hand_7	363	421	1.6e-25	89.9
LXL04_018430	`PF13405.13`	EF-hand_6	363	391	8e-21	72.4
LXL04_018430	`PF24548.2`	EF_EFCAB10_C	365	413	4.8e-07	30.0
LXL04_018430	`PF13833.13`	EF-hand_8	375	424	2.6e-11	43.8
LXL04_018430	`PF13499.13`	EF-hand_7	433	496	1.6e-25	89.9
LXL04_018430	`PF00036.39`	EF-hand_1	435	459	2.2e-24	83.8
LXL04_018430	`PF13405.13`	EF-hand_6	435	459	8e-21	72.4
LXL04_018430	`PF13202.13`	EF-hand_5	435	457	3.5e-18	64.9
LXL04_018430	`PF00036.39`	EF-hand_1	473	497	2.2e-24	83.8
LXL04_018430	`PF13202.13`	EF-hand_5	477	495	3.5e-18	64.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42438`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 8	75.281%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38873`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 7	74.532%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6NLQ6`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 32	72.593%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P93759`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 14	72.420%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84SL0`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 20	71.350%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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