LXL04_018402 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018402

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 12509542-12513431 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2760 bp · LXL04_018402|LXL04_018402|OH1004|cDNA

ATGAGGGAGCGATTGTCTACTAGAGGTATCACGTTGGACTCGATTATGTGCCCGGTGTGTAATGGCGCGGTGCAGACGATTCCTCATATTTTTGCGGGGTGTCCTCATTTATTAGATGTTTGGTACCGTATTGCTATTTGGTGGGGTATAGATGCTCCGAATTCTATGGAGTTGGAGGTTTTGTTAGCTTGGGCGGAGGGGTCGAGGTTGAATGCGAATCCAAGAAAGGCGTTTGATGCGGTTGTCGTTACAACCTTATG...

CDS

下载 CDS FASTA

2760 bp · LXL04_018402|LXL04_018402|OH1004|CDS

ATGAGGGAGCGATTGTCTACTAGAGGTATCACGTTGGACTCGATTATGTGCCCGGTGTGTAATGGCGCGGTGCAGACGATTCCTCATATTTTTGCGGGGTGTCCTCATTTATTAGATGTTTGGTACCGTATTGCTATTTGGTGGGGTATAGATGCTCCGAATTCTATGGAGTTGGAGGTTTTGTTAGCTTGGGCGGAGGGGTCGAGGTTGAATGCGAATCCAAGAAAGGCGTTTGATGCGGTTGTCGTTACAACCTTATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

919 aa · LXL04_018402|LXL04_018402|OH1004|PROTEIN

MRERLSTRGITLDSIMCPVCNGAVQTIPHIFAGCPHLLDVWYRIAIWWGIDAPNSMELEVLLAWAEGSRLNANPRKAFDAVVVTTLWVLWKYRNVLVYGTQTPKKAEIFDEIISHEISLPLSLLIRSESFRSEAESSTFLKLPVQMMHRPPPHDDFSLKETKPHLGGGKVTGDKLTSTYDLVEQMQYLYVRVVKARELPAKDLTGSCDPYAEVRIGNYKGTTRHFEKKSNPEWNQVFAFSRDRIQATTLEVSVKDKDFAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018402`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018402

位置 Chr04:12509542-12513431 (+)

描述 Similar to FTIP3: FT-interacting protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57880`	在顶端分生组织 (SAM) 中的芽干细胞增殖和分化中必需，从而通过控制 STM 在芽顶的亚细胞定位和细胞间运输，决定芽干细胞的维持与其分化为其他地上植物部分之间的适当平衡。	FTIP-Dependent STM Trafficking Regulates Shoot Meristem Development in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1016/j.celrep.2018.04.033
`At1g51570`	在顶端分生组织 (SAM) 中的芽干细胞增殖和分化中必需，从而通过控制 STM 在芽顶的亚细胞定位和细胞间运输，决定芽干细胞的维持与其分化为其他地上植物部分之间的适当平衡。	FTIP-Dependent STM Trafficking Regulates Shoot Meristem Development in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1016/j.celrep.2018.04.033
`At5g12970`	可能通过调节其他调控因子的运输发挥信号分子的功能。	暂无已核实直接文献
`At4g11610`	可能通过调节其他调控因子的运输发挥信号分子的功能。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0370600`	促进转录因子 OSH1 的核转位，在花药发育后期直接抑制生长素生物合成基因 YUCCA4。	OsFTIP7 determines auxin-mediated anther dehiscence in rice.2018 · DOI: 10.1038/s41477-018-0175-0

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018402 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009663 plasmodesma organization 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0010930 negative regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:1902182 shoot apical meristem development 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51570

ath:AT3G57880

ath:AT4G11610

ath:AT5G12970

dosa:Os05g0370600

osa:4338582

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.351

排名 1 · LXL04_018402 · OH-1004

细胞膜0.336

排名 2 · LXL04_018402 · OH-1004

细胞质0.226

排名 3 · LXL04_018402 · OH-1004

高尔基体0.213

排名 4 · LXL04_018402 · OH-1004

细胞核0.092

排名 5 · LXL04_018402 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168.37C2187-290 aa

PF00168.37C2348-454 aa

PF00168.37C2510-619 aa

PF08372.17PRT_C764-919 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018402	`PF00168.37`	C2	187	290	1.5e-69	231.5
LXL04_018402	`PF00168.37`	C2	348	454	1.5e-69	231.5
LXL04_018402	`PF00168.37`	C2	510	619	1.5e-69	231.5
LXL04_018402	`PF08372.17`	PRT_C	764	919	9.9e-84	279.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2R0`	拟南芥	FT-interacting protein 3	86.839%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C8H3`	拟南芥	FT-interacting protein 4	84.813%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LXU2`	拟南芥	Multiple C2 domain and transmembrane region protein 5	79.043%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84TJ7`	拟南芥	Multiple C2 domain and transmembrane region protein 7	68.088%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q60EW9`	水稻	FT-interacting protein 7	81.572%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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