LXL04_018400 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018400

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 12491442-12496386 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2196 bp · LXL04_018400|LXL04_018400|OH1004|cDNA

ATGAAATACAATGAGAGAATGAGAGAACAGCTCTTCGAAGATAGATCCAGAACCCTACTTATCTTTAGTGATCTCTTTGATTGGCGGTCTGCGAGCAACTCTTTGGCTAATTTGTCTACCGATTTAATTTCAACGATGATTTGTCGCTGTAGATGCCTGTACTTCAGTGTATTTGCAATGTTGGTGTTTCTAGTTCCACAGAGCTCAGCGCATACTGATAATTCTGATGTTAGAGCTCTGCAAGATCTGTATAGGTCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2196 bp · LXL04_018400|LXL04_018400|OH1004|CDS

ATGAAATACAATGAGAGAATGAGAGAACAGCTCTTCGAAGATAGATCCAGAACCCTACTTATCTTTAGTGATCTCTTTGATTGGCGGTCTGCGAGCAACTCTTTGGCTAATTTGTCTACCGATTTAATTTCAACGATGATTTGTCGCTGTAGATGCCTGTACTTCAGTGTATTTGCAATGTTGGTGTTTCTAGTTCCACAGAGCTCAGCGCATACTGATAATTCTGATGTTAGAGCTCTGCAAGATCTGTATAGGTCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

731 aa · LXL04_018400|LXL04_018400|OH1004|PROTEIN

MKYNERMREQLFEDRSRTLLIFSDLFDWRSASNSLANLSTDLISTMICRCRCLYFSVFAMLVFLVPQSSAHTDNSDVRALQDLYRSFNTPPQLKGWKSNDGDPCQESWTGITCSGSSIIQIKLDNLNITGNLGYQLNDFHHLKQLDVSNNNIYGEIPYGLPLNLTHLNLACNNLSQYIPYSISSMKNLRHMNLSHNFLSGPVGNVFTGLSCLKEMDLSYNQFIGDLPSSFGTLRGLSRLFLQHNEFTGSVIFLADLQLSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018400`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018400

位置 Chr04:12491442-12496386 (+)

描述 Similar to SRF2: Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06820`	STRUBBELIG-受体家族2蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g22130`	STRUBBELIG-受体家族 8 蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g78980`	STRUBBELIG-受体家族 5 蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g14350`	蛋白质 STRUBBELIG-受体家族 7。	暂无已核实直接文献
`At1g53730`	蛋白 STRUBBELIG-受体家族 6。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018400 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G78980

ath:AT3G14350

ath:AT4G22130

ath:AT5G06820

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.808

排名 1 · LXL04_018400 · OH-1004

细胞质0.104

排名 2 · LXL04_018400 · OH-1004

细胞核0.092

排名 3 · LXL04_018400 · OH-1004

内质网0.071

排名 4 · LXL04_018400 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · LXL04_018400 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_273-114 aa

PF13855.13LRR_8141-196 aa

PF13855.13LRR_8163-222 aa

PF13855.13LRR_8205-245 aa

PF00069.32Pkinase417-686 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr419-688 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018400	`PF08263.18`	LRRNT_2	73	114	7.5e-12	46.0
LXL04_018400	`PF13855.13`	LRR_8	141	196	2e-16	60.2
LXL04_018400	`PF13855.13`	LRR_8	163	222	2e-16	60.2
LXL04_018400	`PF13855.13`	LRR_8	205	245	2e-16	60.2
LXL04_018400	`PF00069.32`	Pkinase	417	686	2.7e-28	99.8
LXL04_018400	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	419	688	3.5e-33	115.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FG24`	拟南芥	Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 2	48.777%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6R2J8`	拟南芥	Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 8	42.857%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6R2K1`	拟南芥	Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 5	37.298%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LUL4`	拟南芥	Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 7	47.351%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C8M9`	拟南芥	Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 6	47.351%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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