LXL04_018269 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018269

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 10117668-10118655 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

852 bp · LXL04_018269|LXL04_018269|OH1004|cDNA

ATGATTCAACACCCTGTTCTTGGTAACAACAATGGCGGAGGTGAAGTCAACACAAACCCACCAAAGTCAACACCTTTACCCCCAATTCAAAGAGTCAACCCGGTCAACCGAGGGACCACAAACATATTCTACAAGACTCGAATGTGCCAGAAGTTTCTAGAAGGAACATGTCGGAATGGAGACGGCTGTACTTTTGCACACGGGTCCCAAGATTTACGCGAACCGCCACCTAATTGGCCAGATCTTGTGAGGGATAACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

852 bp · LXL04_018269|LXL04_018269|OH1004|CDS

ATGATTCAACACCCTGTTCTTGGTAACAACAATGGCGGAGGTGAAGTCAACACAAACCCACCAAAGTCAACACCTTTACCCCCAATTCAAAGAGTCAACCCGGTCAACCGAGGGACCACAAACATATTCTACAAGACTCGAATGTGCCAGAAGTTTCTAGAAGGAACATGTCGGAATGGAGACGGCTGTACTTTTGCACACGGGTCCCAAGATTTACGCGAACCGCCACCTAATTGGCCAGATCTTGTGAGGGATAACAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

283 aa · LXL04_018269|LXL04_018269|OH1004|PROTEIN

MIQHPVLGNNNGGGEVNTNPPKSTPLPPIQRVNPVNRGTTNIFYKTRMCQKFLEGTCRNGDGCTFAHGSQDLREPPPNWPDLVRDNRGGQNWNDDQRIIHQMRICHKFVNTGECPYGEKCNFLHESPAKFKAQSERTRESSVIKIQTMVDRGQSQPNGGQRLHSNMNAVQVSSVSSDPNATFWKTRICSKWELTGQCGFGDKCHFAHGLAELNTPVVRMDGGGSNAASSLHLAATELPPSDSAMAVPFQQGEGKGFAKLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018269`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018269

位置 Chr04:10117668-10118655 (+)

描述 Similar to At3g19360: Zinc finger CCCH domain-containing protein 39

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19360`	含锌指CCCH结构域蛋白39。	暂无已核实直接文献
`At1g32360`	含锌指 CCCH 结构域的蛋白 12。	暂无已核实直接文献
`At2g35430`	含锌指CCCH结构域的蛋白28。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0159800`	含锌指CCCH结构域的蛋白56。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018269 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32360

ath:AT2G35430

ath:AT3G19360

dosa:Os08g0159800

osa:4344715

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.625

排名 1 · LXL04_018269 · OH-1004

细胞质0.419

排名 2 · LXL04_018269 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 3 · LXL04_018269 · OH-1004

内质网0.030

排名 4 · LXL04_018269 · OH-1004

线粒体0.026

排名 5 · LXL04_018269 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25427.3zf-CCCH_UNK43-75 aa

PF00642.31zf-CCCH44-68 aa

PF18044.8zf-CCCH_447-67 aa

PF18345.8zf_CCCH_449-67 aa

PF00642.31zf-CCCH102-124 aa

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L103-124 aa

PF18044.8zf-CCCH_4103-124 aa

PF18345.8zf_CCCH_4105-124 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018269	`PF25427.3`	zf-CCCH_UNK	43	75	1.3e-11	44.9
LXL04_018269	`PF00642.31`	zf-CCCH	44	68	9.5e-25	86.7
LXL04_018269	`PF18044.8`	zf-CCCH_4	47	67	1.6e-15	57.2
LXL04_018269	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	49	67	1.5e-15	57.3
LXL04_018269	`PF00642.31`	zf-CCCH	102	124	9.5e-25	86.7
LXL04_018269	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	103	124	3.9e-16	59.4
LXL04_018269	`PF18044.8`	zf-CCCH_4	103	124	1.6e-15	57.2
LXL04_018269	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	105	124	1.5e-15	57.3
LXL04_018269	`PF00642.31`	zf-CCCH	183	208	9.5e-25	86.7
LXL04_018269	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	184	207	3.9e-16	59.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LT81`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 39	39.628%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LQM3`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 12	31.046%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5PP65`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 28	31.606%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84UQ3`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 56	30.508%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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