LXL04_018169 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018169

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 7964957-7966102 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1146 bp · LXL04_018169|LXL04_018169|OH1004|cDNA

ATGGGGAACGCAAAAAAATGGATCAAGAATTTGTTGGCCGGAAAGAAACACAAAAAAGCCGTCAACGAAATCCAAACACCACCCATTTCCGTCTCACCGGCAACCCCAAAGGAAAAACGTAGATGGAGCTTCCGGCGGTCTTCCGCCACACCGCCCACtaacaccaccaccaccaccaccaccaccaccaactCCATAGACGTAATCTCCATAGCACCACCACCATTAGTGCATGAAGTGGAGAATTACGAGCAGAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1146 bp · LXL04_018169|LXL04_018169|OH1004|CDS

ATGGGGAACGCAAAAAAATGGATCAAGAATTTGTTGGCCGGAAAGAAACACAAAAAAGCCGTCAACGAAATCCAAACACCACCCATTTCCGTCTCACCGGCAACCCCAAAGGAAAAACGTAGATGGAGCTTCCGGCGGTCTTCCGCCACACCGCCCACTAACACCACCACCACCACCACCACCACCACCAACTCCATAGACGTAATCTCCATAGCACCACCACCATTAGTGCATGAAGTGGAGAATTACGAGCAGAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

381 aa · LXL04_018169|LXL04_018169|OH1004|PROTEIN

MGNAKKWIKNLLAGKKHKKAVNEIQTPPISVSPATPKEKRRWSFRRSSATPPTNTTTTTTTTTNSIDVISIAPPPLVHEVENYEQKKHVLEVAFVAAATAIVKHTAATKIQSVFRSYLARKALYALKGLVKLQALVRGHLVRKRATATLRCMQALVTVQARACARRRGSTDGITNSYYGWPDSDSDLYHVMRTPDVSEEHIKIVEMDTRSTRKSYSKERVSMHMISPAPSEPSPRAFGGHFEDFRLGSPTMKHDYAESLY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018169`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018169

位置 Chr04:7964957-7966102 (+)

描述 Similar to IQD31: Protein IQ-DOMAIN 31

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14750`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At3g16490`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At5g07240`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At5g62070`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g72670`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018169 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

GO:0009574 preprophase band 细胞组分

GO:0016604 nuclear body 细胞组分

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G72670

ath:AT3G16490

ath:AT4G14750

ath:AT5G07240

ath:AT5G62070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.411

排名 1 · LXL04_018169 · OH-1004

细胞质0.388

排名 2 · LXL04_018169 · OH-1004

细胞核0.363

排名 3 · LXL04_018169 · OH-1004

内质网0.046

排名 4 · LXL04_018169 · OH-1004

质体0.033

排名 5 · LXL04_018169 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00612.34IQ105-122 aa

PF13178.12DUF4005248-312 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018169	`PF00612.34`	IQ	105	122	2.7e-11	42.9
LXL04_018169	`PF13178.12`	DUF4005	248	312	1.3e-10	42.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A1P8B590`	拟南芥	Protein IQ-DOMAIN 19	46.517%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LK76`	拟南芥	Protein IQ-domain 26	38.961%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LYP2`	拟南芥	Protein IQ-DOMAIN 24	36.287%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FIT1`	拟南芥	Protein IQ-DOMAIN 23	36.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAI2`	拟南芥	Protein IQ-DOMAIN 8	34.239%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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