LXL04_018156 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018156

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 7841436-7843204 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1392 bp · LXL04_018156|LXL04_018156|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTCAGGAACTGACAGAGTACGAGCGCAAACGCCTGGAAAACATCAAGCGCAACGATGAACTGCTTGCATCTCTCAAAATCCACTCCAAGCTTGCTGATCTGTCTGCCTCATCCAAACGCCGCAGGGAACAGGCTAGATGTTACAGAATTAGTCTACAGAAGAAGAAAGCAAAACCCGAAACCCCAGTTGTAATCCGCAAATCTCTAAGAGCCCAAGGAATAAAGCCAGATTTCAGCGAAACACCTAAGGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1392 bp · LXL04_018156|LXL04_018156|OH1004|CDS

ATGGCGTCTCAGGAACTGACAGAGTACGAGCGCAAACGCCTGGAAAACATCAAGCGCAACGATGAACTGCTTGCATCTCTCAAAATCCACTCCAAGCTTGCTGATCTGTCTGCCTCATCCAAACGCCGCAGGGAACAGGCTAGATGTTACAGAATTAGTCTACAGAAGAAGAAAGCAAAACCCGAAACCCCAGTTGTAATCCGCAAATCTCTAAGAGCCCAAGGAATAAAGCCAGATTTCAGCGAAACACCTAAGGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

463 aa · LXL04_018156|LXL04_018156|OH1004|PROTEIN

MASQELTEYERKRLENIKRNDELLASLKIHSKLADLSASSKRRREQARCYRISLQKKKAKPETPVVIRKSLRAQGIKPDFSETPKEKTSPKKIMPLKSPRELTPLSMRDVSISSKSDEPLVQKILSVSRPKGATMGVECRVRASIDLDSMELMPENIARVVPGSILSVKFFPSADMRMVAVGSKFGDLGFWNVDSENEDGDGIHMYRPHPASLSSICIHPFAMNKIITCCYHGLIRTLDIQNETFDLTYHSEDGIISMSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018156`
TK1151 ID	TkA08G023180
OH-1004 ID	LXL04_018156
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_018156`
位置	Chr04:7841436-7843204 (+)
描述	Similar to wdr76: WD repeat-containing protein 76
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_018156` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:2000001 regulation of DNA damage checkpoint 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0034399 nuclear periphery 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	act:ACLA_085580 ncr:NCU09302 pic:PICST_83842 pno:SNOG_03055 xla:735144 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.935

排名 1 · LXL04_018156 · OH-1004

细胞质0.131

排名 2 · LXL04_018156 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 3 · LXL04_018156 · OH-1004

线粒体0.015

排名 4 · LXL04_018156 · OH-1004

内质网0.009

排名 5 · LXL04_018156 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25175.2Beta-prop_WDR5164-461 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz164-362 aa

PF24796.2WDR55164-327 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st165-371 aa

PF24814.2WD40_Prp19165-382 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st187-368 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2215-328 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st217-367 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018156	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	164	461	7.9e-17	62.2
LXL04_018156	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	164	362	1.7e-15	57.8
LXL04_018156	`PF24796.2`	WDR55	164	327	1.1e-11	45.0
LXL04_018156	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	165	371	3.2e-18	66.8
LXL04_018156	`PF24814.2`	WD40_Prp19	165	382	4.3e-17	62.8
LXL04_018156	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	187	368	3.4e-10	40.7
LXL04_018156	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	215	328	1.7e-09	38.2
LXL04_018156	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	217	367	5.6e-13	49.6
LXL04_018156	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	217	362	6e-07	29.5
LXL04_018156	`PF24805.2`	EIF3I	242	354	9.1e-07	29.0
LXL04_018156	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	264	436	5.2e-10	39.7
LXL04_018156	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	268	366	5.4e-06	26.5
LXL04_018156	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	277	429	3.2e-18	66.8
LXL04_018156	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	277	462	3.7e-17	63.0
LXL04_018156	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	277	364	9.6e-07	29.2
LXL04_018156	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	288	353	4.2e-06	27.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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