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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_018076
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 6184096-6187397 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1518 bp · LXL04_018076|LXL04_018076|OH1004|cDNA

atgAGATTTGTGGGACTTGTCGGGAATTCCTTCGGGTGCTCAGCCTCCGGTGAGCGGCTTGTTTCAGCTGCAAGAGATGGTGATTTTCAAGAAGCTAAAGCTTTATTGGAATACGACCCTCGACTTTCTAAATATTGCACTTTTGGTACTCGTAATTCACCCCTCCATCATGCTGCATCTCAAGGTCACCATGAGATCGTCTCACTTTTGATCGAATCAGAGGTTGATATTAATCTCAGAAATTATCGGGGGCAGACTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1518 bp · LXL04_018076|LXL04_018076|OH1004|CDS

ATGAGATTTGTGGGACTTGTCGGGAATTCCTTCGGGTGCTCAGCCTCCGGTGAGCGGCTTGTTTCAGCTGCAAGAGATGGTGATTTTCAAGAAGCTAAAGCTTTATTGGAATACGACCCTCGACTTTCTAAATATTGCACTTTTGGTACTCGTAATTCACCCCTCCATCATGCTGCATCTCAAGGTCACCATGAGATCGTCTCACTTTTGATCGAATCAGAGGTTGATATTAATCTCAGAAATTATCGGGGGCAGACTGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

505 aa · LXL04_018076|LXL04_018076|OH1004|PROTEIN

MRFVGLVGNSFGCSASGERLVSAARDGDFQEAKALLEYDPRLSKYCTFGTRNSPLHHAASQGHHEIVSLLIESEVDINLRNYRGQTALMQACQYGHWEVVMTLVLYKANINKTDHLNGATALHLAALNGHSRCIRILLADYIPSISKFYKLVKKRSRILDFVSESSEGNTLCEIINKPADGGVTALHMAALNGHVDSLHLLLDLGASVNEVTVEDGTTIDLIGAGSTPLHYAAHGGNPQCCQILIAKGASLTAGNAKGWS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_018076
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_018076
位置Chr04:6184096-6187397 (+)
描述Similar to XBAT32: E3 ubiquitin-protein ligase XBAT32
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g57740 E3 泛素蛋白连接酶，介导 ACC 合酶 泛素化。
The ubiquitin ligase XBAT32 regulates lateral root development in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02266.x
Arabidopsis RING E3 ligase XBAT32 regulates lateral root production through its role in ethylene biosynthesis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.156976
At5g07270 当与E2酶UBC8在体外结合时，具有E3泛素-蛋白连接酶活性。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0791200 可能的E3泛素-蛋白连接酶XBOS32。 暂无已核实直接文献
Os08g0258200 可能的E3泛素蛋白连接酶XBOS35。 暂无已核实直接文献
Os10g0521600 可能的 E3 泛素蛋白连接酶 XBOS33。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018076 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0010366 negative regulation of ethylene biosynthetic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G07270
ath:AT5G57740
dosa:Os02g0791200
dosa:Os08g0258200
dosa:Os10g0521600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.515
排名 1 · LXL04_018076 · OH-1004
细胞核0.293
排名 2 · LXL04_018076 · OH-1004
细胞膜0.183
排名 3 · LXL04_018076 · OH-1004
高尔基体0.104
排名 4 · LXL04_018076 · OH-1004
线粒体0.101
排名 5 · LXL04_018076 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_221-114 aa
PF13637.13Ank_421-71 aa
PF13606.13Ank_351-78 aa
PF13857.13Ank_551-87 aa
PF00023.37Ank52-81 aa
PF13637.13Ank_455-100 aa
PF13857.13Ank_574-111 aa
PF12796.14Ank_275-139 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_018076PF12796.14Ank_2211146.1e-47158.8
LXL04_018076PF13637.13Ank_421718.5e-33112.4
LXL04_018076PF13606.13Ank_351787.8e-31103.0
LXL04_018076PF13857.13Ank_551878.7e-29100.0
LXL04_018076PF00023.37Ank52814.4e-39131.0
LXL04_018076PF13637.13Ank_4551008.5e-33112.4
LXL04_018076PF13857.13Ank_5741118.7e-29100.0
LXL04_018076PF12796.14Ank_2751396.1e-47158.8
LXL04_018076PF00023.37Ank841144.4e-39131.0
LXL04_018076PF13637.13Ank_4881388.5e-33112.4
LXL04_018076PF12796.14Ank_21042106.1e-47158.8
LXL04_018076PF00023.37Ank1171384.4e-39131.0
LXL04_018076PF13637.13Ank_41752028.5e-33112.4
LXL04_018076PF13857.13Ank_51752218.7e-29100.0
LXL04_018076PF00023.37Ank1822114.4e-39131.0
LXL04_018076PF13606.13Ank_31822097.8e-31103.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6NLQ8拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase XBAT3259.423%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q4FE45拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase XBAT3351.915%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q6KAE5水稻Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS3259.329%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q7EZ44水稻Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS3552.705%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q337A0水稻Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS3354.126%Swiss-Prot强数据库同源证据

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