LXL04_018042 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018042

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 5477761-5481039 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2724 bp · LXL04_018042|LXL04_018042|OH1004|cDNA

ATGGACAACCCTACGCCATTAACAGCCTCTCCCGGTTCACTCCGAAACTGGAACGACGATTCCCCTCGCGTGAAAATCCTATGTAGCTTCAACGGCAGCATACTACCACGCCCACAAGACGGAAAACTCAGGTACGTCGGCGGTGAAACACGGATTTTGAGTGTTCCAAGAGACATCACCTTCGAAGAACTAATGGCAAGGATGAAAGACCTGTTTGAAGGCGCAACCGTTTTGAAATACAAACAACCCGATGAAGATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2724 bp · LXL04_018042|LXL04_018042|OH1004|CDS

ATGGACAACCCTACGCCATTAACAGCCTCTCCCGGTTCACTCCGAAACTGGAACGACGATTCCCCTCGCGTGAAAATCCTATGTAGCTTCAACGGCAGCATACTACCACGCCCACAAGACGGAAAACTCAGGTACGTCGGCGGTGAAACACGGATTTTGAGTGTTCCAAGAGACATCACCTTCGAAGAACTAATGGCAAGGATGAAAGACCTGTTTGAAGGCGCAACCGTTTTGAAATACAAACAACCCGATGAAGATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

907 aa · LXL04_018042|LXL04_018042|OH1004|PROTEIN

MDNPTPLTASPGSLRNWNDDSPRVKILCSFNGSILPRPQDGKLRYVGGETRILSVPRDITFEELMARMKDLFEGATVLKYKQPDEDLDALVSVVNDDDVTNMMEEYDKLGSGDGFTRLRVFLFTNSELDDPLHFLDTDGRDSERRYVDALNSLHDSPEYGKQQMSEFQVIPPMDDSQLTEYSFSQLNLDGSIHNPRTYDTHTPMPPINLHHLTIPHITPLQHQQPLSPAAYYSPRHPANDFPTSPSCSYYHGPYGEPADR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018042`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018042

位置 Chr04:5477761-5481039 (+)

描述 Similar to STY8: Serine/threonine-protein kinase STY8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79570`	类 RAF 蛋白激酶，与 RAF24 一起作为生长素快速反应通路的中央介质，该通路涉及蛋白质磷酸化，并导致快速的细胞反应，包括膜去极化和细胞质流动。	暂无已核实直接文献
`At2g35050`	类 RAF 蛋白激酶，与 RAF20 一起作用，作为生长素快速反应途径的核心介质，涉及蛋白质磷酸化，并导致包括膜去极化和胞质流动在内的快速细胞反应。	暂无已核实直接文献
`At1g73660`	作为耐盐负调节剂。	The genetic locus At1g73660 encodes a putative MAPKKK and negatively regulates salt tolerance in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9306-8 SIS8, a putative mitogen-activated protein kinase kinase kinase, regulates sugar-resistant seedling development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12404
`At2g17700`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可特异性磷酸化细胞质中可裂解前序列内的叶绿体前体蛋白。	A protein kinase family in Arabidopsis phosphorylates chloroplast precursor proteins.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m606580200 The cytosolic kinases STY8, STY17, and STY46 are involved in chloroplast differentiation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182774

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018042 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005985 sucrose metabolic process 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010109 regulation of photosynthesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79570

ath:AT2G35050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.458

排名 1 · LXL04_018042 · OH-1004

细胞膜0.440

排名 2 · LXL04_018042 · OH-1004

细胞核0.277

排名 3 · LXL04_018042 · OH-1004

高尔基体0.042

排名 4 · LXL04_018042 · OH-1004

内质网0.037

排名 5 · LXL04_018042 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00564.31PB139-123 aa

PF00069.32Pkinase635-895 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr636-897 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018042	`PF00564.31`	PB1	39	123	3.5e-19	69.2
LXL04_018042	`PF00069.32`	Pkinase	635	895	2.3e-48	165.6
LXL04_018042	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	636	897	3.6e-63	214.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SAJ2`	拟南芥	RAF-like serine/threonine-protein kinase 20	72.043%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O64768`	拟南芥	RAF-like serine/threonine-protein kinase 24	64.062%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C9U5`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase SIS8	38.202%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O22558`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase STY8	37.918%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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