LXL04_017917 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017917

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 3548636-3550104 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

738 bp · LXL04_017917|LXL04_017917|OH1004|cDNA

ATGGAAATAGAAAAAGTTGATAATAATAGCCAACAATCCAAGAAACATGTTAGGAGGAGACATCAAACCAGCAAACCCTATAAAGATAGGCTTTTGAATATGGCGGAAGCTAGGAGAGAGATTGCTACCGCCCTTAAGTTCCATAGAGCTTCTATGAAGCAGCAAGAAGGTAATTGTGTCATTCAACAACAACTACAACCACCATCGGAAAAACCAGGGAAGACAAATTCTAGGCtgtttccggccaccaccaccgccac...

CDS

下载 CDS FASTA

738 bp · LXL04_017917|LXL04_017917|OH1004|CDS

ATGGAAATAGAAAAAGTTGATAATAATAGCCAACAATCCAAGAAACATGTTAGGAGGAGACATCAAACCAGCAAACCCTATAAAGATAGGCTTTTGAATATGGCGGAAGCTAGGAGAGAGATTGCTACCGCCCTTAAGTTCCATAGAGCTTCTATGAAGCAGCAAGAAGGTAATTGTGTCATTCAACAACAACTACAACCACCATCGGAAAAACCAGGGAAGACAAATTCTAGGCTGTTTCCGGCCACCACCACCGCCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

245 aa · LXL04_017917|LXL04_017917|OH1004|PROTEIN

MEIEKVDNNSQQSKKHVRRRHQTSKPYKDRLLNMAEARREIATALKFHRASMKQQEGNCVIQQQLQPPSEKPGKTNSRLFPATTTATNGYSWPYSGYPFPPPIPPPPPLHQENLNLVLPKQTLGLNLNFQDFSNLKTSSVYQTPMAVYSSSSTSSSIATKEVAAVGTCGGILAKGSPDDDDDGNDDGYHPFDQVMEFPPWLINANESYCFQQFYDHQFSDEYSPDPALPCMDIGEIEGMDGEWLA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017917`
TK1151 ID	TkA08G040470
OH-1004 ID	LXL04_017917
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017917

位置 Chr04:3548636-3550104 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g21280`	需要参与调节对非生物胁迫（干旱）和导致细胞死亡的氧化应激的反应。	Oxidative stress provokes distinct transcriptional responses in the stress-tolerant atr7 and stress-sensitive loh2 Arabidopsis thaliana mutants as revealed by multi-parallel quantitative real-time PCR analysis of ROS marker and antioxidant genes.2012 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2012.05.024 A novel seed plants gene regulates oxidative stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2020 · DOI: 10.1007/s00018-019-03202-5

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017917 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010555 response to mannitol 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:1901562 response to paraquat 生物过程

GO:1902882 regulation of response to oxidative stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · LXL04_017917 · OH-1004

细胞质0.115

排名 2 · LXL04_017917 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 3 · LXL04_017917 · OH-1004

内质网0.030

排名 4 · LXL04_017917 · OH-1004

质体0.015

排名 5 · LXL04_017917 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30938.1ATR78-163 aa

PF30938.1ATR7179-245 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017917	`PF30938.1`	ATR7	8	163	7.9e-72	243.2
LXL04_017917	`PF30938.1`	ATR7	179	245	7.9e-72	243.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C589`	拟南芥	Protein AAL-toxin resistant 7	34.643%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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