LXL04_017897 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017897

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 3116884-3127489 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3483 bp · LXL04_017897|LXL04_017897|OH1004|cDNA

ATGGGGAATTACAGAGTATGCTGGGGTTTTACTAGGAAGTTCAAAATTTCAGAAGCAGAGCCGCCGACTGACGTCAAAGAAGCATTCAAGAAGTACTCCGGCGACGGGATCCACATGACGGCAGATCAGCTCCGGCGATTTTTGGAGGAATACCAGGGCGATGATGGACATTATGCCTCGATTTCGGAAGCTGAGCGTATAGTGGAGCAGATACTTCACAAACGGCATCATCTTCCCAAGTTTATGAACAGAAAGGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3483 bp · LXL04_017897|LXL04_017897|OH1004|CDS

ATGGGGAATTACAGAGTATGCTGGGGTTTTACTAGGAAGTTCAAAATTTCAGAAGCAGAGCCGCCGACTGACGTCAAAGAAGCATTCAAGAAGTACTCCGGCGACGGGATCCACATGACGGCAGATCAGCTCCGGCGATTTTTGGAGGAATACCAGGGCGATGATGGACATTATGCCTCGATTTCGGAAGCTGAGCGTATAGTGGAGCAGATACTTCACAAACGGCATCATCTTCCCAAGTTTATGAACAGAAAGGCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1160 aa · LXL04_017897|LXL04_017897|OH1004|PROTEIN

MGNYRVCWGFTRKFKISEAEPPTDVKEAFKKYSGDGIHMTADQLRRFLEEYQGDDGHYASISEAERIVEQILHKRHHLPKFMNRKALSLEDFHHYLFNTDLNPPIRSQVHQDMTAPLSHYFIYTGHNSYLTGNQLSSNCSEVPIIKALKGGVRVIELDLWPNSSKNTVHVLHGRTLTSPVDLLRCLKAIKDYAFVASPYPVIITLEDHLTPDLQAKVAQMVTDTFGSMLFCPELEIFEELPTPESLKYRILISTKPPKEY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017897`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017897

位置 Chr04:3116884-3127489 (+)

描述 Similar to PLC4: Phosphoinositide phospholipase C 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58700`	活化的磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C介导第二信使分子二酰甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）的产生。	暂无已核实直接文献
`At2g40116`	活化的磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C介导第二信使分子二酰甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）的产生。	暂无已核实直接文献
`At3g08510`	活化的磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C介导第二信使分子二酰甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）的产生。	N-terminal EF-hand-like domain is required for phosphoinositide-specific phospholipase C activity in Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1016/s0014-5793(01)02453-x
`At5g58690`	活化的磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C介导第二信使分子二酰甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）的产生。	暂无已核实直接文献
`At3g55940`	活化的磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C介导第二信使分子二酰甘油（DAG）和肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）的产生。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017897 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0010601 positive regulation of auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0048015 phosphatidylinositol-mediated signaling 生物过程

GO:0048437 floral organ development 生物过程

GO:0051209 release of sequestered calcium ion into cytosol 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40116

ath:AT3G08510

ath:AT5G58700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.595

排名 1 · LXL04_017897 · OH-1004

细胞膜0.288

排名 2 · LXL04_017897 · OH-1004

细胞核0.211

排名 3 · LXL04_017897 · OH-1004

线粒体0.064

排名 4 · LXL04_017897 · OH-1004

内质网0.058

排名 5 · LXL04_017897 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09279.18EF-hand_like23-100 aa

PF00388.26PI-PLC-X113-255 aa

PF00387.26PI-PLC-Y340-426 aa

PF00168.37C2449-549 aa

PF09279.18EF-hand_like591-667 aa

PF00388.26PI-PLC-X680-822 aa

PF00387.26PI-PLC-Y921-1010 aa

PF00168.37C21033-1133 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017897	`PF09279.18`	EF-hand_like	23	100	3.3e-12	47.4
LXL04_017897	`PF00388.26`	PI-PLC-X	113	255	3.7e-110	364.6
LXL04_017897	`PF00387.26`	PI-PLC-Y	340	426	5.8e-59	198.0
LXL04_017897	`PF00168.37`	C2	449	549	7.1e-30	104.0
LXL04_017897	`PF09279.18`	EF-hand_like	591	667	3.3e-12	47.4
LXL04_017897	`PF00388.26`	PI-PLC-X	680	822	3.7e-110	364.6
LXL04_017897	`PF00387.26`	PI-PLC-Y	921	1010	5.8e-59	198.0
LXL04_017897	`PF00168.37`	C2	1033	1133	7.1e-30	104.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q944C1`	拟南芥	Phosphoinositide phospholipase C 4	59.867%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GV43`	拟南芥	Phosphoinositide phospholipase C 6	58.581%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q39033`	拟南芥	Phosphoinositide phospholipase C 2	56.514%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q944C2`	拟南芥	Phosphoinositide phospholipase C 5	55.897%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LY51`	拟南芥	Phosphoinositide phospholipase C 7	55.833%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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