LXL04_017884 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017884

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 2845478-2846791 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1056 bp · LXL04_017884|LXL04_017884|OH1004|cDNA

ATGGCagtaaaattgtccaaaatgcaGAAGAAGGTTAACTACGATGCCAAGCTCAGCAAGCTTCTCGATCATTACACGCAGATTCTCATCGTGGGTGCGGACAATGTAGGCTCCAATCAGTTACAGATGATACGGCAAGGACTGAGAGGCGACTCCATTGTTTTAATGGGTAAGAATACAATGATGAAGAGAACAATTCGTCTCCATGCTCAGAAAACCAACAACACCGATATCCTTAACCTCGTTCCTTATCTCGTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1056 bp · LXL04_017884|LXL04_017884|OH1004|CDS

ATGGCAGTAAAATTGTCCAAAATGCAGAAGAAGGTTAACTACGATGCCAAGCTCAGCAAGCTTCTCGATCATTACACGCAGATTCTCATCGTGGGTGCGGACAATGTAGGCTCCAATCAGTTACAGATGATACGGCAAGGACTGAGAGGCGACTCCATTGTTTTAATGGGTAAGAATACAATGATGAAGAGAACAATTCGTCTCCATGCTCAGAAAACCAACAACACCGATATCCTTAACCTCGTTCCTTATCTCGTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

351 aa · LXL04_017884|LXL04_017884|OH1004|PROTEIN

MAVKLSKMQKKVNYDAKLSKLLDHYTQILIVGADNVGSNQLQMIRQGLRGDSIVLMGKNTMMKRTIRLHAQKTNNTDILNLVPYLVGNVGLVFTKGDLKEVSDVVAKYKVAAPARVGLVAPIDVIVPPGNTGLDPSQTSFFQVLNIPTKINKGTVEIITPVELIQKGEKVGSSEAALLTKLGRKPFSYGLIVQYVYENGSVFSPDVLYLTDDDLIQKFSTGLSQVAAFSLAINYPSLAAAPHMIINGYKNLLSVSVATEY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017884`
TK1151 ID	TkA08G043150
OH-1004 ID	LXL04_017884
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	91.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017884

位置 Chr04:2845478-2846791 (+)

描述 Similar to 60S acidic ribosomal protein P0

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09200`	核糖体蛋白P0是大肠杆菌蛋白L10的功能等效物。	暂无已核实直接文献
`At2g40010`	核糖体蛋白P0是大肠杆菌蛋白L10的功能等效物。	暂无已核实直接文献
`At3g11250`	核糖体蛋白P0是大肠杆菌蛋白L10的功能等效物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0130500`	核糖体蛋白P0是大肠杆菌蛋白L10的功能等效物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017884 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0022625 cytosolic large ribosomal subunit 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40010

ath:AT3G09200

ath:AT3G11250

dosa:Os08g0130500

gmx:547816

osa:4344590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.765

排名 1 · LXL04_017884 · OH-1004

细胞核0.238

排名 2 · LXL04_017884 · OH-1004

内质网0.075

排名 3 · LXL04_017884 · OH-1004

线粒体0.072

排名 4 · LXL04_017884 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 5 · LXL04_017884 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00466.26Ribosomal_L108-108 aa

PF17777.7RL10P_insert114-182 aa

PF00428.25Ribosomal_60s234-350 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017884	`PF00466.26`	Ribosomal_L10	8	108	5.6e-18	65.6
LXL04_017884	`PF17777.7`	RL10P_insert	114	182	3.9e-21	75.4
LXL04_017884	`PF00428.25`	Ribosomal_60s	234	350	7.1e-09	36.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42112`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL10y	74.539%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O04204`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL10z	73.626%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P57691`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL10x	73.432%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P41095`	水稻	Large ribosomal subunit protein uL10	64.387%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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