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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_017814
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 1589504-1596478 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2079 bp · LXL04_017814|LXL04_017814|OH1004|cDNA

ATGTCAGACGTGGAAGGTGCCGGAGGTGACAGTGGTGTTATTCCTCCGGTGAGAATCAAGGAGGTCGGAACCACTTCGGTTTCCTGTCCGATGTTGAATCCCACAAATTACACGGTATGGTCCCTGCGTATGAAGATTGTTCTGAAAATACATAAGGCTTGGACAGTAATTGATCCAGGAGAGGAGAAGAACGAAGAGAAAGATTACCTGGCCATGGGTTTAATCTATCAAGCAATTCCCGAATCTCTTATTATGCAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2079 bp · LXL04_017814|LXL04_017814|OH1004|CDS

ATGTCAGACGTGGAAGGTGCCGGAGGTGACAGTGGTGTTATTCCTCCGGTGAGAATCAAGGAGGTCGGAACCACTTCGGTTTCCTGTCCGATGTTGAATCCCACAAATTACACGGTATGGTCCCTGCGTATGAAGATTGTTCTGAAAATACATAAGGCTTGGACAGTAATTGATCCAGGAGAGGAGAAGAACGAAGAGAAAGATTACCTGGCCATGGGTTTAATCTATCAAGCAATTCCCGAATCTCTTATTATGCAGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

692 aa · LXL04_017814|LXL04_017814|OH1004|PROTEIN

MSDVEGAGGDSGVIPPVRIKEVGTTSVSCPMLNPTNYTVWSLRMKIVLKIHKAWTVIDPGEEKNEEKDYLAMGLIYQAIPESLIMQIGDVVSSKVLWESIKARHVGADRVKEARLQTLNTEFDRLKMGEIDSIDTFAGKLSEIASKSASLGDTINETKLVKKFLKTLRRKFIHIVASLEQGEEDDDGENRVMLTSTGGGWRSGGGNGSSGSSGTSGGTKGSDGGGSRSSGRSSGERKNTAWEEERRRREKSEGFNPRGSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_017814
TK1151 IDTkA08G048710
OH-1004 IDLXL04_017814
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.411 / OH-1004 57.081
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_017814
位置Chr04:1589504-1596478 (+)
描述Similar to FDM2: Factor of DNA methylation 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g00380 与 IDN2 和 FDM1/IDNL1 形成复合物，这是 RNA 指导的 DNA 甲基化 所需的，并且在 RdDM 途径的下游步骤发挥作用。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
At1g15910 与 IDN2 和 FDM2/IDNL2 形成复合物，这是 RNA 指导的 DNA 甲基化 所需的，并且在 RdDM 途径的下游步骤发挥作用。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
At1g13790 与 FDM3 和 FDM5 联合作用，实现 RNA 指导的 DNA 甲基化。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
At3g12550 与 FDM4 和 FDM5 关联，参与 RNA 导向的 DNA 甲基化 (RdDM)。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
At3g48670 与 FDM1/IDNL1 和 FDM2/IDNL2 形成复合物，该复合物对 RNA 定向 DNA 甲基化（RdDM）是必需的，并在 RdDM 通路的下游步骤以及小干扰 RNA（siRNA）形成的下游发挥功能。
IDN1 and IDN2 are required for de novo DNA methylation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1038/nsmb.1690
An SGS3-like protein functions in RNA-directed DNA methylation and transcriptional gene silencing in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04130.x
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
IDN2 has a role downstream of siRNA formation in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.4161/epi.21237
A SWI/SNF chromatin-remodeling complex acts in noncoding RNA-mediated transcriptional silencing.2013 · DOI: 10.1016/j.molcel.2012.11.011
RNA-directed DNA methylation requires stepwise binding of silencing factors to long non-coding RNA.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12563
Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017814 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010569 regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0032259 methylation 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003725 double-stranded RNA binding 分子功能
GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G13790
ath:AT1G15910
ath:AT3G12550
ath:AT4G00380
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.709
排名 1 · LXL04_017814 · OH-1004
细胞质0.279
排名 2 · LXL04_017814 · OH-1004
细胞膜0.056
排名 3 · LXL04_017814 · OH-1004
内质网0.036
排名 4 · LXL04_017814 · OH-1004
线粒体0.021
排名 5 · LXL04_017814 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14223.15Retrotran_gag_244-182 aa
PF03469.20XH545-672 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_017814PF14223.15Retrotran_gag_2441821.1e-1248.7
LXL04_017814PF03469.20XH5456721.4e-46158.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4JH53拟南芥Factor of DNA methylation 242.188%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9S9P3拟南芥Factor of DNA methylation 143.359%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LMH6拟南芥Factor of DNA methylation 441.603%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LHB1拟南芥Factor of DNA methylation 342.023%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8VZ79拟南芥Protein INVOLVED IN DE NOVO 241.509%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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