LXL04_017764 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017764

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 897877-900889 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1128 bp · LXL04_017764|LXL04_017764|OH1004|cDNA

ATGGAAGAAGAAAACAAATTAGGTCCCACAAGAACTCTAGAAAAAGAAAGAGGCCTGGGTGGACGAATACAATTTCGGCTTACAACAATGGCAAGTAATGCTGGTTCAAATGGAGAACAAAAAACTACGAAACCACCTCCAACCCCTTCTCCTTTACGTAACTCCAAATTCTTTCAGTCAAACATGCGGATCTTGGTTACTGGTGGTGCTGGATTTATCGGCTCTCATCTAGTCGATAAACTAATGGAAAATGAAAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1128 bp · LXL04_017764|LXL04_017764|OH1004|CDS

ATGGAAGAAGAAAACAAATTAGGTCCCACAAGAACTCTAGAAAAAGAAAGAGGCCTGGGTGGACGAATACAATTTCGGCTTACAACAATGGCAAGTAATGCTGGTTCAAATGGAGAACAAAAAACTACGAAACCACCTCCAACCCCTTCTCCTTTACGTAACTCCAAATTCTTTCAGTCAAACATGCGGATCTTGGTTACTGGTGGTGCTGGATTTATCGGCTCTCATCTAGTCGATAAACTAATGGAAAATGAAAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

375 aa · LXL04_017764|LXL04_017764|OH1004|PROTEIN

MEEENKLGPTRTLEKERGLGGRIQFRLTTMASNAGSNGEQKTTKPPPTPSPLRNSKFFQSNMRILVTGGAGFIGSHLVDKLMENEKNEVIVADNYFTGSKDNLKKWIGHPRFELIRHDVTEALLVEVDQIYHLACPASPIFYKYNPVKTIKTNVIGTLNMLGLAKRVGARILLTSTSEVYGDPLVHPQPESYWGNVNPIGVRSCYDEGKRVAETLMFDYHRQHGIEIRIARIFNTYGPRMNIDDGRVVSNFIAQALRDEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017764`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017764

位置 Chr04:897877-900889 (-)

描述 Similar to UXS5: UDP-glucuronic acid decarboxylase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46440`	催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。	暂无已核实直接文献
`At2g28760`	催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。	暂无已核实直接文献
`At5g59290`	催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。	Reconstruction of de novo pathway for synthesis of UDP-glucuronic acid and UDP-xylose from intrinsic UDP-glucose in Saccharomyces cerevisiae.2006 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2006.05281.x
`At2g47650`	催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。	暂无已核实直接文献
`At3g62830`	催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。	Biosynthesis of UDP-xylose: characterization of membrane-bound AtUxs2.2005 · DOI: 10.1007/s00425-004-1471-7

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017764 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0019305 dTDP-rhamnose biosynthetic process 生物过程

GO:0033320 UDP-D-xylose biosynthetic process 生物过程

GO:0042732 D-xylose metabolic process 生物过程

GO:0045492 xylan biosynthetic process 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28760

ath:AT2G47650

ath:AT3G46440

ath:AT3G62830

ath:AT5G59290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.595

排名 1 · LXL04_017764 · OH-1004

细胞核0.279

排名 2 · LXL04_017764 · OH-1004

质体0.121

排名 3 · LXL04_017764 · OH-1004

线粒体0.092

排名 4 · LXL04_017764 · OH-1004

过氧化物酶体0.077

排名 5 · LXL04_017764 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04321.24RmlD_sub_bind62-317 aa

PF01370.28Epimerase64-298 aa

PF02719.22Polysacc_synt_264-173 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd65-359 aa

PF01073.263Beta_HSD65-216 aa

PF07993.19NAD_binding_4119-234 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017764	`PF04321.24`	RmlD_sub_bind	62	317	1.1e-07	31.9
LXL04_017764	`PF01370.28`	Epimerase	64	298	7.1e-47	160.5
LXL04_017764	`PF02719.22`	Polysacc_synt_2	64	173	8.2e-14	52.2
LXL04_017764	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	65	359	3.4e-49	168.8
LXL04_017764	`PF01073.26`	3Beta_HSD	65	216	3.8e-12	46.5
LXL04_017764	`PF07993.19`	NAD_binding_4	119	234	3.1e-12	46.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SN95`	拟南芥	UDP-glucuronic acid decarboxylase 5	93.478%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZV36`	拟南芥	UDP-glucuronic acid decarboxylase 6	89.855%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FIE8`	拟南芥	UDP-glucuronic acid decarboxylase 3	90.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S8T4`	拟南芥	UDP-glucuronic acid decarboxylase 4	72.727%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LZI2`	拟南芥	UDP-glucuronic acid decarboxylase 2	71.704%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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