LXL04_017664 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017664

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 156269302-156271883 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2394 bp · LXL04_017664|LXL04_017664|OH1004|cDNA

ATGCAGAAAATCCTACAGAAAAACCCAAAACGTTTGTCCAGTATTCACCAAAATGACATCAGAAGATTCATATCTTCATCTCCTACATCCATTTCCACCAAACAGAACAATCGCTTACTCACTGAAATCAAAGCTATTCTTTATTCGGAGAACTGGGAATCCACTCTACCTGTTTCAAACGTACCGAGAAAGCTAAACCCACACGTAATCCAGCTTATGCTTCGAGAAAACCAGGTCGATATTAAATCAAGTTCCAAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2394 bp · LXL04_017664|LXL04_017664|OH1004|CDS

ATGCAGAAAATCCTACAGAAAAACCCAAAACGTTTGTCCAGTATTCACCAAAATGACATCAGAAGATTCATATCTTCATCTCCTACATCCATTTCCACCAAACAGAACAATCGCTTACTCACTGAAATCAAAGCTATTCTTTATTCGGAGAACTGGGAATCCACTCTACCTGTTTCAAACGTACCGAGAAAGCTAAACCCACACGTAATCCAGCTTATGCTTCGAGAAAACCAGGTCGATATTAAATCAAGTTCCAAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

797 aa · LXL04_017664|LXL04_017664|OH1004|PROTEIN

MQKILQKNPKRLSSIHQNDIRRFISSSPTSISTKQNNRLLTEIKAILYSENWESTLPVSNVPRKLNPHVIQLMLRENQVDIKSSSKRLPLLAITLCNSNLYGCVSLLIDEMISTGVSPISIWDSFVSCYNENFNSHSNLNPKVFEVIVDRFRVKNLLDEAGEILLRNDQFIPSPLLFNSLLKDLINVKKFELFWKVCEVISKRIGSFDVYVYTNMIKAHCMVGNDEDAKKVLLEMGKKGCNPSFVTYNVIIGCLCKSGKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017664`
TK1151 ID	TkA02G017170
OH-1004 ID	LXL04_017664
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.648 / OH-1004 87.202 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017664

位置 Chr03:156269302-156271883 (-)

描述 Similar to At5g61990: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61990, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61990`	含五重复肽序列蛋白 At5g61990，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62670`	含五肽重复序列的蛋白 At1g62670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g59900`	推测的五肽重复蛋白（pentatricopeptide repeat-containing protein）At5g59900。	暂无已核实直接文献
`At1g62910`	含五百四十肽重复的蛋白 At1g62910。	暂无已核实直接文献
`At1g62930`	含有五百四十肽重复的蛋白 At1g62930，叶绿体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017664 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G61990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.818

排名 1 · LXL04_017664 · OH-1004

质体0.064

排名 2 · LXL04_017664 · OH-1004

细胞核0.063

排名 3 · LXL04_017664 · OH-1004

细胞质0.036

排名 4 · LXL04_017664 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_017664 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N182-304 aa

PF23276.3TPR_24190-298 aa

PF13812.13PPR_3207-254 aa

PF13041.13PPR_2208-256 aa

PF01535.27PPR211-240 aa

PF17177.11PPR_long211-277 aa

PF12854.14PPR_1238-270 aa

PF13041.13PPR_2242-290 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017664	`PF29070.1`	MSC6_N	182	304	9.9e-26	91.4
LXL04_017664	`PF23276.3`	TPR_24	190	298	3.2e-31	108.7
LXL04_017664	`PF13812.13`	PPR_3	207	254	1.5e-65	217.8
LXL04_017664	`PF13041.13`	PPR_2	208	256	4.9e-109	357.0
LXL04_017664	`PF01535.27`	PPR	211	240	4.4e-85	274.9
LXL04_017664	`PF17177.11`	PPR_long	211	277	2.1e-33	116.2
LXL04_017664	`PF12854.14`	PPR_1	238	270	7.8e-86	282.2
LXL04_017664	`PF13041.13`	PPR_2	242	290	4.9e-109	357.0
LXL04_017664	`PF01535.27`	PPR	245	275	4.4e-85	274.9
LXL04_017664	`PF23276.3`	TPR_24	246	332	3.2e-31	108.7
LXL04_017664	`PF12854.14`	PPR_1	273	305	7.8e-86	282.2
LXL04_017664	`PF13041.13`	PPR_2	277	306	4.9e-109	357.0
LXL04_017664	`PF13041.13`	PPR_2	308	336	4.9e-109	357.0
LXL04_017664	`PF12854.14`	PPR_1	308	336	7.8e-86	282.2
LXL04_017664	`PF13812.13`	PPR_3	308	352	1.5e-65	217.8
LXL04_017664	`PF01535.27`	PPR	311	339	4.4e-85	274.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FIT7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61990, mitochondrial	31.275%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SXD1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial	29.336%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJE6`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59900	27.651%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62910	28.152%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ14`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic	26.774%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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