LXL04_017647 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017647

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 155854816-155855970 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1155 bp · LXL04_017647|LXL04_017647|OH1004|cDNA

ATGGAAGACTTACCGGCACATATCATGGTGGATATTCTCTCAAAACTTCCAGTCAAAACAATCATCCATTGCAAATGCGTTTGCAAGAAGTGGCTGGATCTCGTTTCAGACTCTTACTTTGCCAATCTTCACCTCTCAAGATCACCTACAAGCCTCATGGTTCATCATAATTCTGAAAATGAAATGACCGGTTACCATAAACCAGGCATTTTAAAGTGGGTGGAGATCAAAAACGAACTCCACCACCACATGTTACACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1155 bp · LXL04_017647|LXL04_017647|OH1004|CDS

ATGGAAGACTTACCGGCACATATCATGGTGGATATTCTCTCAAAACTTCCAGTCAAAACAATCATCCATTGCAAATGCGTTTGCAAGAAGTGGCTGGATCTCGTTTCAGACTCTTACTTTGCCAATCTTCACCTCTCAAGATCACCTACAAGCCTCATGGTTCATCATAATTCTGAAAATGAAATGACCGGTTACCATAAACCAGGCATTTTAAAGTGGGTGGAGATCAAAAACGAACTCCACCACCACATGTTACACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

384 aa · LXL04_017647|LXL04_017647|OH1004|PROTEIN

MEDLPAHIMVDILSKLPVKTIIHCKCVCKKWLDLVSDSYFANLHLSRSPTSLMVHHNSENEMTGYHKPGILKWVEIKNELHHHMLHHDPLMSLDLNLAPIFQESQILLVGSVNGLLCLWQFGPESDNTYICNPITREYMILPRQQYYRQGYAIIVYCFGVSSRTHEYKVIRIFQGDIPPDSTSTSRPSFLEAEVNTLGTGQWRSLGHVPYWLVGFSGPFLNGHAHWIVIDKNSPEKLCAFDFDKETFELFPSPPVEIIQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017647`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017647

位置 Chr03:155854816-155855970 (-)

描述 Similar to At3g07870: F-box protein At3g07870

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07870`	F-box 蛋白 At3g07870。	暂无已核实直接文献
`At3g06240`	F-box/kelch 重复蛋白 At3g06240。	暂无已核实直接文献
`At4g12560`	SCF(ASK- Cullin-F-box) E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。	An F-box gene, CPR30, functions as a negative regulator of the defense response in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03995.x
`At3g23880`	F-box/kelch重复蛋白At3g23880。	暂无已核实直接文献
`At3g17540`	推定 F-box/kelch 重复蛋白 At3g17540。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017647 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0042177 negative regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06240

ath:AT3G07870

ath:AT3G17540

ath:AT3G23880

ath:AT4G12560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.640

排名 1 · LXL04_017647 · OH-1004

细胞核0.423

排名 2 · LXL04_017647 · OH-1004

细胞膜0.092

排名 3 · LXL04_017647 · OH-1004

内质网0.077

排名 4 · LXL04_017647 · OH-1004

溶酶体／液泡0.045

排名 5 · LXL04_017647 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937.13F-box-like2-39 aa

PF00646.39F-box2-40 aa

PF07734.19FBA_1100-340 aa

PF08268.18FBA_3106-308 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017647	`PF12937.13`	F-box-like	2	39	3.1e-09	37.2
LXL04_017647	`PF00646.39`	F-box	2	40	4.3e-09	36.6
LXL04_017647	`PF07734.19`	FBA_1	100	340	4.7e-22	79.1
LXL04_017647	`PF08268.18`	FBA_3	106	308	3.4e-17	63.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SFC7`	拟南芥	F-box protein At3g07870	29.199%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GXC7`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At3g06240	28.024%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SU30`	拟南芥	F-box protein CPR1	26.586%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LIR8`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At3g23880	23.836%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LUP4`	拟南芥	Putative F-box/kelch-repeat protein At3g17540	24.834%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情