LXL04_017569 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017569

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 153610281-153617129 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1821 bp · LXL04_017569|LXL04_017569|OH1004|cDNA

ATGGTGTTAGAAGCCATAAACTCGAAGTCTGAAGAAGCTATGGGATTTTGCTATTCTTGTGTCATTCTTCAATTCAATTATTACTTTCTATCAAACCATTCCTCTGCTACTTTCAATTTCATGAATTCCAAGAAAACACACTGGAATTTCCGATCCGTAACATTTTTGTTCTTGAACTCAATTTGCTTCTTAAGGTTCGTTCAATCCAGATGCAGCAGAGGTTGTGATTTAGCCCTTGCTTCGTACTACGTCAAACCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1821 bp · LXL04_017569|LXL04_017569|OH1004|CDS

ATGGTGTTAGAAGCCATAAACTCGAAGTCTGAAGAAGCTATGGGATTTTGCTATTCTTGTGTCATTCTTCAATTCAATTATTACTTTCTATCAAACCATTCCTCTGCTACTTTCAATTTCATGAATTCCAAGAAAACACACTGGAATTTCCGATCCGTAACATTTTTGTTCTTGAACTCAATTTGCTTCTTAAGGTTCGTTCAATCCAGATGCAGCAGAGGTTGTGATTTAGCCCTTGCTTCGTACTACGTCAAACCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

606 aa · LXL04_017569|LXL04_017569|OH1004|PROTEIN

MVLEAINSKSEEAMGFCYSCVILQFNYYFLSNHSSATFNFMNSKKTHWNFRSVTFLFLNSICFLRFVQSRCSRGCDLALASYYVKPGENLSSISQHMNTDINSIMEYNRDTIPNPESIQSFVRINVPFSCDCINGEFLAHVFNYNIQPPDTYELIAGAWYANLTTAEWIQRFNYYDPNRIPYPDNTALNVTVNCSCGDSSISKAYGLFVTYPLRVGETLDSVSSAMNVRSELIQRYNPNADFSAANVLLYIPGRDVNGNY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017569`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017569

位置 Chr03:153610281-153617129 (-)

描述 Similar to LYK3: LysM domain receptor-like kinase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g21630`	含LysM结构域的受体样激酶，参与几丁质及几丁寡糖介导的信号转导和先天免疫，并参与对盐胁迫、重金属及灰葡萄孢菌（Botrytis cinerea）的抗性。	CERK1, a LysM receptor kinase, is essential for chitin elicitor signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705147104 AvrPtoB targets the LysM receptor kinase CERK1 to promote bacterial virulence on plants.2009 · DOI: 10.1016/j.cub.2009.01.054 The lysin motif receptor-like kinase (LysM-RLK) CERK1 is a major chitin-binding protein in Arabidopsis thaliana and subject to chitin-induced phosphorylation.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.116657 Arabidopsis lysin-motif proteins LYM1 LYM3 CERK1 mediate bacterial peptidoglycan sensing and immunity to bacterial infection.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1112862108 The LysM receptor-like kinase LysM RLK1 is required to activate defense and abiotic-stress responses induced by overexpression of fungal chitinases in Arabidopsis plants.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss021 Functional characterization of CEBiP and CERK1 homologs in arabidopsis and rice reveals the presence of different chitin receptor systems in plants.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs113 Selective regulation of the chitin-induced defense response by the Arabidopsis receptor-like cytoplasmic kinase PBL27.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12535

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0511000`	LysM结构域受体样激酶10。	暂无已核实直接文献
`Os08g0538300`	赖氨酸基序受体激酶需要作为几丁质激发子信号传导的细胞表面受体，从而产生针对生物胁迫的先天免疫。	Two LysM receptor molecules, CEBiP and OsCERK1, cooperatively regulate chitin elicitor signaling in rice.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04324.x Functional characterization of CEBiP and CERK1 homologs in arabidopsis and rice reveals the presence of different chitin receptor systems in plants.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs113 A receptor-like cytoplasmic kinase targeted by a plant pathogen effector is directly phosphorylated by the chitin receptor and mediates rice immunity.2013 · DOI: 10.1016/j.chom.2013.02.007 Targeted gene disruption of OsCERK1 reveals its indispensable role in chitin perception and involvement in the peptidoglycan response and immunity in rice.2014 · DOI: 10.1094/mpmi-03-14-0068-r OsCERK1 and OsRLCK176 play important roles in peptidoglycan and chitin signaling in rice innate immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12710

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017569 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002752 cell surface pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0010200 response to chitin 生物过程

GO:0032491 detection of molecule of fungal origin 生物过程

GO:0032499 detection of peptidoglycan 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G21630

dosa:Os08g0538300

dosa:Os09g0511000

osa:9270778

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.707

排名 1 · LXL04_017569 · OH-1004

内质网0.098

排名 2 · LXL04_017569 · OH-1004

细胞质0.096

排名 3 · LXL04_017569 · OH-1004

溶酶体／液泡0.082

排名 4 · LXL04_017569 · OH-1004

细胞核0.060

排名 5 · LXL04_017569 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01476.27LysM82-127 aa

PF23577.2LysM_RLK209-252 aa

PF00069.32Pkinase306-570 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr307-572 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017569	`PF01476.27`	LysM	82	127	3.5e-09	37.2
LXL04_017569	`PF23577.2`	LysM_RLK	209	252	2.7e-19	69.7
LXL04_017569	`PF00069.32`	Pkinase	306	570	1.2e-45	156.7
LXL04_017569	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	307	572	1.1e-47	163.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A8R7E6`	拟南芥	Chitin elicitor receptor kinase 1	44.357%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`D7UPN3`	水稻	LysM domain receptor-like kinase 10	50.435%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A0A0P0XII1`	水稻	Chitin elicitor receptor kinase 1	68.862%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情