LXL04_017552 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017552

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 153116008-153121758 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2670 bp · LXL04_017552|LXL04_017552|OH1004|cDNA

ATGAAGCTTCGTTCTCGCTCATCTGATCCTTCCGACAAAGGTAAAGGCATTATCGAGCTCTCAGACGAAGAAGACAATGATCAGTTGTCTTCAGATTCCGAATACTATTCTTATAGTTTTGAACGTCTTGCCAATGAAGAAGCGGTTCCAGATTTTGTAACAGAATCCGAAGATGAAAAGCCAAAGAGAAATAAAAGCAGTTCACAAAGGTGGAAGAGAAAAGCCGAACAATCAGATGAAGAAATAGCGGTTATAATTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2670 bp · LXL04_017552|LXL04_017552|OH1004|CDS

ATGAAGCTTCGTTCTCGCTCATCTGATCCTTCCGACAAAGGTAAAGGCATTATCGAGCTCTCAGACGAAGAAGACAATGATCAGTTGTCTTCAGATTCCGAATACTATTCTTATAGTTTTGAACGTCTTGCCAATGAAGAAGCGGTTCCAGATTTTGTAACAGAATCCGAAGATGAAAAGCCAAAGAGAAATAAAAGCAGTTCACAAAGGTGGAAGAGAAAAGCCGAACAATCAGATGAAGAAATAGCGGTTATAATTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

889 aa · LXL04_017552|LXL04_017552|OH1004|PROTEIN

MKLRSRSSDPSDKGKGIIELSDEEDNDQLSSDSEYYSYSFERLANEEAVPDFVTESEDEKPKRNKSSSQRWKRKAEQSDEEIAVIIAELSLDEEDIAVVKKSTNRKKKKKKTKPTLLWEIWEEETEKWLDQHMTEDVDLDNLNEIVAETVEPSPDLIMPLLRYQKEWLAWGLKQEESPSRGGILADEMGMGKTIQAIALVLAKRALHVEFGQPVDQSTNPSSSSSSSSLLPRVKATLVICPLIAVMQWVNEIERFTAKGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017552`
TK1151 ID	TkA02G032080
OH-1004 ID	LXL04_017552
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017552

位置 Chr03:153116008-153121758 (-)

描述 Similar to rhp16: ATP-dependent helicase rhp16 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20010`	可能参与转录基因沉默的解旋酶样转录因子。	SUVR2 is involved in transcriptional gene silencing by associating with SNF2-related chromatin-remodeling proteins in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/cr.2014.156 SNF2 chromatin remodeler-family proteins FRG1 and -2 are required for RNA-directed DNA methylation.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1420515111
`At5g43530`	具有内在的依赖 ATP 的核小体重塑活性。	A homolog of ScRAD5 is involved in DNA repair and homologous recombination in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116806
`At5g22750`	在无差错复制后 DNA 修复或 DNA 损伤耐受途径中发挥作用。	A homolog of ScRAD5 is involved in DNA repair and homologous recombination in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116806 RAD5A, RECQ4A, and MUS81 have specific functions in homologous recombination and define different pathways of DNA repair in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.078568 RAD5a and REV3 function in two alternative pathways of DNA-damage tolerance in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1016/j.dnarep.2011.04.009 AtRAD5A is a DNA translocase harboring a HIRAN domain which confers binding to branched DNA structures and is required for DNA repair in vivo.2016 · DOI: 10.1111/tpj.13283

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017552 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000715 nucleotide-excision repair, DNA damage recognition 生物过程

GO:0000720 pyrimidine dimer repair by nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0034644 cellular response to UV 生物过程

GO:0070911 global genome nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0000113 nucleotide-excision repair factor 4 complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20010

sce:YBR114W

spo:2538860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.928

排名 1 · LXL04_017552 · OH-1004

细胞质0.127

排名 2 · LXL04_017552 · OH-1004

线粒体0.028

排名 3 · LXL04_017552 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 4 · LXL04_017552 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_017552 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00176.30SNF2-rel_dom163-468 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom496-612 aa

PF00271.38Helicase_C719-833 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017552	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	163	468	3.3e-53	181.4
LXL04_017552	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	496	612	3.3e-53	181.4
LXL04_017552	`PF00271.38`	Helicase_C	719	833	1.8e-23	83.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHE4`	拟南芥	Helicase-like transcription factor CHR27	29.663%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FIY7`	拟南芥	DNA repair protein RAD5B	34.043%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FNI6`	拟南芥	DNA repair protein RAD5A	34.291%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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