LXL04_017378 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017378

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 147871435-147873873 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1099 bp · LXL04_017378|LXL04_017378|OH1004|cDNA

ATGGCGCTTGCTCAAGTTTCTTCGTCACCGTGTATCTCCACCGCCGCTAGATTGTCCGGCGTTCCACAGTTCTCATCATCCAGTTTGCCTCGAATTGGAACAAGCTTTACTTGCGGTTCACCCCTAGTGATATGCAGAACTCATCACCAGAAGGCGATCGTACCTAAATCAAAAGCATTTTCAGTGAGATGTGAACAAAGCAGTAAAGATGGAAACAGTTTAGACGTGTGGCTAGGTCGCACAGCAATGGTGGGATTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1083 bp · LXL04_017378|LXL04_017378|OH1004|CDS

ATGGCGCTTGCTCAAGTTTCTTCGTCACCGTGTATCTCCACCGCCGCTAGATTGTCCGGCGTTCCACAGTTCTCATCATCCAGTTTGCCTCGAATTGGAACAAGCTTTACTTGCGGTTCACCCCTAGTGATATGCAGAACTCATCACCAGAAGGCGATCGTACCTAAATCAAAAGCATTTTCAGTGAGATGTGAACAAAGCAGTAAAGATGGAAACAGTTTAGACGTGTGGCTAGGTCGCACAGCAATGGTGGGATTTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

360 aa · LXL04_017378|LXL04_017378|OH1004|PROTEIN

MALAQVSSSPCISTAARLSGVPQFSSSSLPRIGTSFTCGSPLVICRTHHQKAIVPKSKAFSVRCEQSSKDGNSLDVWLGRTAMVGFAVAISVEVSTGKGLLENFGLTSPLPTVALAVTGLVGVLTAHNIVFSLCFIHVISCLKLVSHGWQWNSLYVLSCIYLYKSPYFDYKLNTNMGSRFSRVKQLIAKRDVKILMLGLDGSGKTTILYKLKLGDFVASVPTIGFNVEAVEYKNVRFTVWDLGGQDTIRPLWRHYYRNTH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017378`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017378

位置 Chr03:147871435-147873873 (+)

描述 Similar to ARF1: ADP-ribosylation factor 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0489600`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献
`Os01g0813400`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017378 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0003925 G protein activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0016004 phospholipase activator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os01g0813400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.947

排名 1 · LXL04_017378 · OH-1004

线粒体0.050

排名 2 · LXL04_017378 · OH-1004

细胞质0.037

排名 3 · LXL04_017378 · OH-1004

细胞核0.030

排名 4 · LXL04_017378 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 5 · LXL04_017378 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf185-351 aa

PF09439.17SRPRB192-318 aa

PF08477.20Roc193-303 aa

PF00071.29Ras193-350 aa

PF04670.19Gtr1_RagA193-323 aa

PF00503.27G-alpha218-304 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017378	`PF00025.28`	Arf	185	351	6.5e-73	244.6
LXL04_017378	`PF09439.17`	SRPRB	192	318	2.5e-10	40.7
LXL04_017378	`PF08477.20`	Roc	193	303	1.1e-14	55.4
LXL04_017378	`PF00071.29`	Ras	193	350	7.2e-14	52.4
LXL04_017378	`PF04670.19`	Gtr1_RagA	193	323	2.3e-09	37.8
LXL04_017378	`PF00503.27`	G-alpha	218	304	2.2e-13	50.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P51823`	水稻	ADP-ribosylation factor 2	66.111%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q06396`	水稻	ADP-ribosylation factor 1	66.111%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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