RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_017334
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 146805515-146808819 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1956 bp · LXL04_017334|LXL04_017334|OH1004|cDNA

ATGAAGTTTATGAAACTTGGATCCAAGTCTGATTCGTTTCAGAACGATGGCGACAATGTCTGGTATGTGACTTCGGAGTTGGCAACTGACGTCATCATTAACGTAGGAGATTCGAAGTTCTATCTACACAAGTTAGTGCTGGGAGGGTCAGTTAAGACCGCGATGGCGCCCCCAGCCGTCACCACCACTTTGGTCACTCCGAAGAGCAACCCACCGATCCTTAGgaacccccggacaactgggTTCCCTCTTTTATCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1956 bp · LXL04_017334|LXL04_017334|OH1004|CDS

ATGAAGTTTATGAAACTTGGATCCAAGTCTGATTCGTTTCAGAACGATGGCGACAATGTCTGGTATGTGACTTCGGAGTTGGCAACTGACGTCATCATTAACGTAGGAGATTCGAAGTTCTATCTACACAAGTTAGTGCTGGGAGGGTCAGTTAAGACCGCGATGGCGCCCCCAGCCGTCACCACCACTTTGGTCACTCCGAAGAGCAACCCACCGATCCTTAGGAACCCCCGGACAACTGGGTTCCCTCTTTTATCGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

651 aa · LXL04_017334|LXL04_017334|OH1004|PROTEIN

MKFMKLGSKSDSFQNDGDNVWYVTSELATDVIINVGDSKFYLHKLVLGGSVKTAMAPPAVTTTLVTPKSNPPILRNPRTTGFPLLSKSGRLQKLIRGSNESEGGEIDIHEIPGGPTAFEICAKFCYGMTVTLNAYNVISTYCAADYLEMHETIDKGNLVYKLNVFLTTSIFRSWKDSIIVLQSTKYMMTSLTEEPKLVNLCINSIASKASVDLSKVDWSYTYNRKKLPEENVTELGVVRARMVPKDWWVEDLAELEIGLY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_017334
TK1151 IDTkA02G049890
OH-1004 IDLXL04_017334
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)93.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_017334
位置Chr03:146805515-146808819 (+)
描述Similar to NPY2: BTB/POZ domain-containing protein NPY2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g14820 可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。
NPY genes play an essential role in root gravitropic responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssq052
Polar-localized NPH3-like proteins regulate polarity and endocytosis of PIN-FORMED auxin efflux carriers.2011 · DOI: 10.1242/dev.057745
At4g37590 可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。
NPY genes and AGC kinases define two key steps in auxin-mediated organogenesis in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0809761106
NPY genes play an essential role in root gravitropic responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssq052
At5g67440 可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。
NPY genes and AGC kinases define two key steps in auxin-mediated organogenesis in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0809761106
NPY genes play an essential role in root gravitropic responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssq052
At2g23050 可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。
NPY genes play an essential role in root gravitropic responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssq052
Polar-localized NPH3-like proteins regulate polarity and endocytosis of PIN-FORMED auxin efflux carriers.2011 · DOI: 10.1242/dev.057745
At4g31820 可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。
NPY1, a BTB-NPH3-like protein, plays a critical role in auxin-regulated organogenesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0708506104
NPY genes and AGC kinases define two key steps in auxin-mediated organogenesis in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0809761106
NPY genes play an essential role in root gravitropic responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssq052
Polar-localized NPH3-like proteins regulate polarity and endocytosis of PIN-FORMED auxin efflux carriers.2011 · DOI: 10.1242/dev.057745
MAB4-induced auxin sink generates local auxin gradients in Arabidopsis organ formation.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1316109111
AGC kinases and MAB4/MEL proteins maintain PIN polarity by limiting lateral diffusion in plant cells.2021 · DOI: 10.1016/j.cub.2021.02.028

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017334 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程
GO:0009958 positive gravitropism 生物过程
GO:0010229 inflorescence development 生物过程
GO:0010540 basipetal auxin transport 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0045176 apical protein localization 生物过程
GO:0048825 cotyledon development 生物过程
GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程
GO:1901703 protein localization involved in auxin polar transport 生物过程
GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G14820
ath:AT2G23050
ath:AT4G31820
ath:AT4G37590
ath:AT5G67440
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.486
排名 1 · LXL04_017334 · OH-1004
细胞质0.359
排名 2 · LXL04_017334 · OH-1004
细胞膜0.197
排名 3 · LXL04_017334 · OH-1004
内质网0.057
排名 4 · LXL04_017334 · OH-1004
溶酶体／液泡0.033
排名 5 · LXL04_017334 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03000.20NPH3246-496 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_017334PF03000.20NPH32464964.7e-83279.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O80970拟南芥Phototropic-responsive NPH3 family protein NPY255.200%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q0WL52拟南芥Phototropic-responsive NPH3 family protein NPY547.484%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FN09拟南芥Phototropic-responsive NPH3 family protein NPY348.137%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O64814拟南芥Phototropic-responsive NPH3 family protein NPY451.589%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8H1D3拟南芥Phototropic-responsive NPH3 family protein NPY140.931%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看