LXL04_017331 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017331

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 146757825-146760882 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1014 bp · LXL04_017331|LXL04_017331|OH1004|cDNA

ATGGCAGTGGTGCCACCGGTCACCAGCAGGGAGCTAACAAATCCTCCGTCTGACGGTATCTCCAACCTCCGATTCTCTAATCACTCTGATCATCTACTTGTATCTTCTTGGGACAAAACTGTTCGATTATACGATGCAAGTGAGAACATATTAAGAGGAGAGTTTACACATGGAGGTGCAGTCCTCGATTGCTGCTTTCATGATGATAACTCCGGTTTCAGTGCCAGTGCTGACAACACTGTCAGAAGACTCGTTTTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1014 bp · LXL04_017331|LXL04_017331|OH1004|CDS

ATGGCAGTGGTGCCACCGGTCACCAGCAGGGAGCTAACAAATCCTCCGTCTGACGGTATCTCCAACCTCCGATTCTCTAATCACTCTGATCATCTACTTGTATCTTCTTGGGACAAAACTGTTCGATTATACGATGCAAGTGAGAACATATTAAGAGGAGAGTTTACACATGGAGGTGCAGTCCTCGATTGCTGCTTTCATGATGATAACTCCGGTTTCAGTGCCAGTGCTGACAACACTGTCAGAAGACTCGTTTTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

337 aa · LXL04_017331|LXL04_017331|OH1004|PROTEIN

MAVVPPVTSRELTNPPSDGISNLRFSNHSDHLLVSSWDKTVRLYDASENILRGEFTHGGAVLDCCFHDDNSGFSASADNTVRRLVFNHEREDVLGHHDAPVRCIEYSYATGQVITGSWDKTLKCWDPRGGSTALVGTYTQPERVYSLSVVGNRLVVATAGRHVNVYDLRNMSQPEQKRESSLKYQTRCVRCYPNGTGYALSSVEGRVAMEFFDVSPAGQSKKYAFKCHRKSEAGRDIVYPVNAIAFHPVYGTFTTGGCDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017331`
TK1151 ID	TkA02G050010
OH-1004 ID	LXL04_017331
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017331

位置 Chr03:146757825-146760882 (+)

描述 Similar to BUB3.2: Mitotic checkpoint protein BUB3.2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49910`	在纺锤体组装检查点信号转导及促进正确的动粒-微管（K-MT）连接建立中发挥双重作用。	暂无已核实直接文献
`At3g19590`	在纺锤体组装检查点信号转导及促进正确的动粒-微管（K-MT）连接建立中发挥双重作用。	The Arabidopsis checkpoint protein Bub3.1 is essential for gametophyte development.2008 · DOI: 10.2741/3076 Spindle assembly checkpoint protein dynamics reveal conserved and unsuspected roles in plant cell division.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0006757

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017331 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007094 mitotic spindle assembly checkpoint signaling 生物过程

GO:0008608 attachment of spindle microtubules to kinetochore 生物过程

GO:0034501 protein localization to kinetochore 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0051983 regulation of chromosome segregation 生物过程

GO:0000776 kinetochore 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005828 kinetochore microtubule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49910

ath:AT3G19590

bta:539594

hsa:9184

mmu:12237

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.745

排名 1 · LXL04_017331 · OH-1004

细胞质0.339

排名 2 · LXL04_017331 · OH-1004

细胞膜0.046

排名 3 · LXL04_017331 · OH-1004

溶酶体／液泡0.032

排名 4 · LXL04_017331 · OH-1004

线粒体0.028

排名 5 · LXL04_017331 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz16-129 aa

PF00400.39WD4017-45 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR517-223 aa

PF24814.2WD40_Prp1917-89 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st17-131 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd17-162 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st18-126 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st18-168 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017331	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	16	129	1.9e-13	51.1
LXL04_017331	`PF00400.39`	WD40	17	45	1.2e-27	95.9
LXL04_017331	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	17	223	3.5e-24	86.3
LXL04_017331	`PF24814.2`	WD40_Prp19	17	89	3e-19	69.9
LXL04_017331	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	17	131	8.6e-17	62.0
LXL04_017331	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	17	162	1.8e-10	41.3
LXL04_017331	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	18	126	2.8e-29	103.0
LXL04_017331	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	18	168	1.5e-18	67.9
LXL04_017331	`PF24796.2`	WDR55	60	172	5.7e-13	49.3
LXL04_017331	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	61	208	2.8e-29	103.0
LXL04_017331	`PF24805.2`	EIF3I	73	182	1.1e-12	48.5
LXL04_017331	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	74	300	2.3e-28	99.7
LXL04_017331	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	90	132	7e-08	32.7
LXL04_017331	`PF24814.2`	WD40_Prp19	92	215	3e-19	69.9
LXL04_017331	`PF00400.39`	WD40	94	126	1.2e-27	95.9
LXL04_017331	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	110	218	7.4e-19	68.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C701`	拟南芥	Mitotic checkpoint protein BUB3.2	82.840%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LJN8`	拟南芥	Mitotic checkpoint protein BUB3.1	82.301%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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