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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_017329
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 146750638-146754062 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1887 bp · LXL04_017329|LXL04_017329|OH1004|cDNA

ATGATGGCGACGAAACTCTTTCTAGGGTTCATGCTATTGAGCTGCTTCTATCATCAATCGGCAATGGGTCGTTTCGTGGTGGAAAAAAACAGCTTAACTGTATCTTCACCTGAAAGCATCAAGGGAAATCACGATACTGCAATCGGGAACTTCGGTATTCCTCAATACGGCGGTAGTATGGCGGGGACTGTCAGTTACCCAAAAGAAAACAGAAAAGGCTGTCGCGAATTCAACGAATTTGGGATTTCTTTTAAAGCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1887 bp · LXL04_017329|LXL04_017329|OH1004|CDS

ATGATGGCGACGAAACTCTTTCTAGGGTTCATGCTATTGAGCTGCTTCTATCATCAATCGGCAATGGGTCGTTTCGTGGTGGAAAAAAACAGCTTAACTGTATCTTCACCTGAAAGCATCAAGGGAAATCACGATACTGCAATCGGGAACTTCGGTATTCCTCAATACGGCGGTAGTATGGCGGGGACTGTCAGTTACCCAAAAGAAAACAGAAAAGGCTGTCGCGAATTCAACGAATTTGGGATTTCTTTTAAAGCCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

628 aa · LXL04_017329|LXL04_017329|OH1004|PROTEIN

MMATKLFLGFMLLSCFYHQSAMGRFVVEKNSLTVSSPESIKGNHDTAIGNFGIPQYGGSMAGTVSYPKENRKGCREFNEFGISFKAKPGTLPAFVLLDRGDCFFALKVWNAQNAGASAVLVADDLDEPLITMDTPEEDSASSKYIENITIPSALISKTFGESLKKSLSSGEMVNVNLDWRESVPHPDDRVEYELWTNSNDECGIKCDMLMDFVKNFKGAAQILEKGGYTLFTPHYITWYCPQAFTISKQCKSQCINHGRY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_017329
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_017329
位置Chr03:146750638-146754062 (+)
描述Similar to VSR3: Vacuolar-sorting receptor 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g14740 液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。 暂无已核实直接文献
At2g14720 液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。 暂无已核实直接文献
At3g52850 液泡分选受体 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。
Vacuolar sorting receptor for seed storage proteins in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1073/pnas.2530568100
At2g30290 液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017329 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程
GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程
GO:0007034 vacuolar transport 生物过程
GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005770 late endosome 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G14720
ath:AT2G14740
ath:AT2G30290
ath:AT3G52850
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.396
排名 1 · LXL04_017329 · OH-1004
高尔基体0.289
排名 2 · LXL04_017329 · OH-1004
细胞质0.217
排名 3 · LXL04_017329 · OH-1004
细胞膜0.174
排名 4 · LXL04_017329 · OH-1004
内质网0.166
排名 5 · LXL04_017329 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02225.28PA63-163 aa
PF25011.2VSR_TRX190-397 aa
PF12662.14cEGF500-520 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_017329PF02225.28PA631635.1e-1556.1
LXL04_017329PF25011.2VSR_TRX1903973.8e-104347.6
LXL04_017329PF12662.14cEGF5005206.3e-0833.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O80977拟南芥Vacuolar-sorting receptor 381.188%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q56ZQ3拟南芥Vacuolar-sorting receptor 481.023%Swiss-Prot强数据库同源证据
P93026拟南芥Vacuolar-sorting receptor 170.128%Swiss-Prot强数据库同源证据
O22925拟南芥Vacuolar-sorting receptor 265.691%Swiss-Prot强数据库同源证据

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