LXL04_017178 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017178

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 142706155-142709364 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1494 bp · LXL04_017178|LXL04_017178|OH1004|cDNA

ATGCCTCCTAGGGTTTATACAATCAATCTCGCCTTCTCCAGATTATCGTTACCTGAAGAAATTGATATGGCAGCTTCTGATTCCGACCCCGAGATAGTTTCCGGATCAGAATCAGAATCAGAAGGCGATGAAGACATAAAACTATCGGAACCTTCAAAAACCGCAATCTACAACAAAGAAGGCATCCTCGATAAACTCAACGACATAGTCTGGCTCGAAGACATTGACTGGACCCACAAGCTCTCACTGGACATCCCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1494 bp · LXL04_017178|LXL04_017178|OH1004|CDS

ATGCCTCCTAGGGTTTATACAATCAATCTCGCCTTCTCCAGATTATCGTTACCTGAAGAAATTGATATGGCAGCTTCTGATTCCGACCCCGAGATAGTTTCCGGATCAGAATCAGAATCAGAAGGCGATGAAGACATAAAACTATCGGAACCTTCAAAAACCGCAATCTACAACAAAGAAGGCATCCTCGATAAACTCAACGACATAGTCTGGCTCGAAGACATTGACTGGACCCACAAGCTCTCACTGGACATCCCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

497 aa · LXL04_017178|LXL04_017178|OH1004|PROTEIN

MPPRVYTINLAFSRLSLPEEIDMAASDSDPEIVSGSESESEGDEDIKLSEPSKTAIYNKEGILDKLNDIVWLEDIDWTHKLSLDIPQEDEIDVNDDLARELAFYNQALQGTREAFVKLETMKLPFLRPSDYYAEMVKTDSHMEKIKGRLIAEKRRMEEAEERRKMRDNKKKAKEVQAVKQRERVKQKKDEIESVKKWRKQRQQSGFAEKDSGDIGFEDGKGSERVKKGNKRQGVSPWDRTGGKGKREEKGGGGSGKRKSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017178`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017178

位置 Chr03:142706155-142709364 (+)

描述 Similar to EBP2: Probable rRNA-processing protein EBP2 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22660`	27S前rRNA加工所需蛋白(通过相似性)。	The nucleolar GTPase nucleostemin-like 1 plays a role in plant growth and senescence by modulating ribosome biogenesis.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv337
`At5g40280`	将法尼基从法尼基二磷酸转移至多种蛋白质C端倒数第4位的半胱氨酸；这些蛋白的C端具有Cys-脂肪族氨基酸-脂肪族氨基酸-X（CaaX）序列。	The CaaX specificities of Arabidopsis protein prenyltransferases explain era1 and ggb phenotypes.2010 · DOI: 10.1186/1471-2229-10-118 ASG2 is a farnesylated DWD protein that acts as ABA negative regulator in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1111/pce.12605

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017178 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0018342 protein prenylation 生物过程

GO:0018343 protein farnesylation 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

GO:0160062 cutin-based cuticle development 生物过程

GO:1901000 regulation of response to salt stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G22660

ath:AT5G40280

spo:2542121

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.828

排名 1 · LXL04_017178 · OH-1004

细胞质0.264

排名 2 · LXL04_017178 · OH-1004

线粒体0.024

排名 3 · LXL04_017178 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_017178 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 5 · LXL04_017178 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05890.18Ebp256-297 aa

PF00432.28Prenyltrans286-345 aa

PF00432.28Prenyltrans349-430 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017178	`PF05890.18`	Ebp2	56	297	1.9e-66	224.9
LXL04_017178	`PF00432.28`	Prenyltrans	286	345	6e-29	102.1
LXL04_017178	`PF00432.28`	Prenyltrans	349	430	6e-29	102.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUJ5`	拟南芥	Probable rRNA-processing protein EBP2 homolog	61.957%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q38920`	拟南芥	Protein farnesyltransferase subunit beta	49.419%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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