LXL04_017062 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017062

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 140351585-140354600 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1050 bp · LXL04_017062|LXL04_017062|OH1004|cDNA

ATGTCTACATTTGGCGTTGCTTCTGCTTCCAACACGAATCCTAACAAGTCCACTGAGGTTGTATCACCTCCTACTGATGGTGTATCAAGCCTTTGCTTCAGTCCCAAAGCGAATTACCTTGTCGCAACTTCATGGGATAACCAGGTAAGATGTTGGGAGGTAACAAAAAACGGAACTTCAGTCAGCACAGCAGCAAAGACATCAATGGCTCATGAACTTCCGGCTTTATGTTCAACATGGAAAGATGATGGAACAACGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1050 bp · LXL04_017062|LXL04_017062|OH1004|CDS

ATGTCTACATTTGGCGTTGCTTCTGCTTCCAACACGAATCCTAACAAGTCCACTGAGGTTGTATCACCTCCTACTGATGGTGTATCAAGCCTTTGCTTCAGTCCCAAAGCGAATTACCTTGTCGCAACTTCATGGGATAACCAGGTAAGATGTTGGGAGGTAACAAAAAACGGAACTTCAGTCAGCACAGCAGCAAAGACATCAATGGCTCATGAACTTCCGGCTTTATGTTCAACATGGAAAGATGATGGAACAACGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

349 aa · LXL04_017062|LXL04_017062|OH1004|PROTEIN

MSTFGVASASNTNPNKSTEVVSPPTDGVSSLCFSPKANYLVATSWDNQVRCWEVTKNGTSVSTAAKTSMAHELPALCSTWKDDGTTVFSGGCDKQVKMWPLLSGGQPSTVAMHDGPVTSIAWIPEMSLLVSGSWDKTLRYWDLRQQNPVHTQQLPDRCYGLTVRHPLMVVATADRNLIAFNLQNPQTEFKRIVSPLKYQTRCVAAFPDQQGFLVGSIEGRVGVHHLDEQQNSKNFTFKCHREGNEVYSVNSLNFHPVHQT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017062`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017062

位置 Chr03:140351585-140354600 (-)

描述 Similar to RAE1: Protein RAE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80670`	蛋白RAE1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017062 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000972 transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery 生物过程

GO:0006405 RNA export from nucleus 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0060236 regulation of mitotic spindle organization 生物过程

GO:0001650 fibrillar center 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005643 nuclear pore 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80670

dre:393973

hsa:8480

pon:100171527

ssc:100125839

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.776

排名 1 · LXL04_017062 · OH-1004

细胞质0.319

排名 2 · LXL04_017062 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 3 · LXL04_017062 · OH-1004

线粒体0.028

排名 4 · LXL04_017062 · OH-1004

内质网0.023

排名 5 · LXL04_017062 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC311-87 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz13-152 aa

PF24814.2WD40_Prp1915-157 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st17-61 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR519-234 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st19-181 aa

PF00400.39WD4023-52 aa

PF23409.2Beta-prop_EML23-162 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017062	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	11	87	6.2e-36	124.5
LXL04_017062	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	13	152	1.2e-19	71.5
LXL04_017062	`PF24814.2`	WD40_Prp19	15	157	6.7e-30	104.8
LXL04_017062	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	17	61	3e-29	102.8
LXL04_017062	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	19	234	4.4e-30	105.7
LXL04_017062	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	19	181	3.3e-29	102.6
LXL04_017062	`PF00400.39`	WD40	23	52	2.2e-28	98.2
LXL04_017062	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	23	162	8.4e-12	45.8
LXL04_017062	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	24	106	3.8e-21	76.4
LXL04_017062	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	25	176	9.8e-32	111.1
LXL04_017062	`PF24796.2`	WDR55	26	233	1.4e-20	74.3
LXL04_017062	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	28	146	9.8e-13	48.5
LXL04_017062	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	69	151	8e-12	45.6
LXL04_017062	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	70	175	1.8e-19	70.8
LXL04_017062	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	72	154	3e-29	102.8
LXL04_017062	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	79	306	6.2e-36	124.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38942`	拟南芥	Protein RAE1	79.083%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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