LXL04_017028 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017028

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 139306117-139307289 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1173 bp · LXL04_017028|LXL04_017028|OH1004|cDNA

ATGCCTTCTACGAGCAGTTCCAGCATGTCGTTTGGGGCATTCCGATCGATTCTAGGGTTTGGAAACGATCACAATCAAGTTCACACGGAAGAGCCAAACAACGATTCCAAATCTCCAATGGATCGCGAACTTGAAAGCTTCCAAGAACAAGTATTCACTCAATTCCATACACTTTCCTCTTCCTCTTCCCCCGATGAACTTCTCTCCATTTTTTGGATATCCAAGCTCCTAGACGCATTCATTACGTGTCATGAACATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1173 bp · LXL04_017028|LXL04_017028|OH1004|CDS

ATGCCTTCTACGAGCAGTTCCAGCATGTCGTTTGGGGCATTCCGATCGATTCTAGGGTTTGGAAACGATCACAATCAAGTTCACACGGAAGAGCCAAACAACGATTCCAAATCTCCAATGGATCGCGAACTTGAAAGCTTCCAAGAACAAGTATTCACTCAATTCCATACACTTTCCTCTTCCTCTTCCCCCGATGAACTTCTCTCCATTTTTTGGATATCCAAGCTCCTAGACGCATTCATTACGTGTCATGAACATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

390 aa · LXL04_017028|LXL04_017028|OH1004|PROTEIN

MPSTSSSSMSFGAFRSILGFGNDHNQVHTEEPNNDSKSPMDRELESFQEQVFTQFHTLSSSSSPDELLSIFWISKLLDAFITCHEHFKIILLNNFETLSKPPLDKLLTDFFDRSIKALDICNAVRDGIEKVRLWGKHLAIVSSAFDAKQRNVIGEGQFRRARKALTDLAIVMLDDHKESGSVFSHRNRSFGRPNKGKDLNNRKHGHSRSLSWSVPNSWSASKQLQSMSNSLIPPKSNEINGNYSLANCVFTMGFVLMFVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017028`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017028

位置 Chr03:139306117-139307289 (-)

描述 Similar to ROH1: Protein ROH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g18740`	与类转甲状腺素蛋白（TTL）共同抑制植物生长发育；但与TTL相反，可能以依赖油菜素甾醇（BR）和尿囊素的方式正向调控耐寒性。	暂无已核实直接文献
`At1g74450`	参与植物生长的调节，并调节花粉发育以确保雄性生育力。	Overexpressing the Multiple-Stress Responsive Gene At1g74450 Reduces Plant Height and Male Fertility in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0140368
`At1g63930`	种皮粘液沉积所需。	Arabidopsis exocyst subunits SEC8 and EXO70A1 and exocyst interactor ROH1 are involved in the localized deposition of seed coat pectin.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03372.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017028 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006904 vesicle docking involved in exocytosis 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0019428 allantoin biosynthetic process 生物过程

GO:0040008 regulation of growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18740

ath:AT1G63930

ath:AT1G74450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.585

排名 1 · LXL04_017028 · OH-1004

细胞核0.367

排名 2 · LXL04_017028 · OH-1004

细胞膜0.239

排名 3 · LXL04_017028 · OH-1004

内质网0.049

排名 4 · LXL04_017028 · OH-1004

溶酶体／液泡0.031

排名 5 · LXL04_017028 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05633.17ROH1-like13-387 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017028	`PF05633.17`	ROH1-like	13	387	9.1e-120	400.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9U5`	拟南芥	Protein BYPASS1-LIKE	49.492%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CA69`	拟南芥	Protein ROH1D	49.497%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CAK4`	拟南芥	Protein ROH1A	34.278%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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