LXL04_017012 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017012

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 138845933-138848999 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1647 bp · LXL04_017012|LXL04_017012|OH1004|cDNA

ATGAAAAAGAAATCGAATAAAGCTTACAACAAGGTAGATTATGCAGAAGAATGGTGCTTTCAATGCAAAGATGGTGGCGATTTAATCATTTGCGACCACAAGAATTGTTTCAAGTCGTATCATTCACATCCAGAATGCACACAACAGGGCAAGTCATCTATAAATCGTCGATTTATATGTGTTCTGCATAAATGTGATGTTTGTGGTAGAGCTTCCGATGTCCATTGTTATGGCTGTCCGAAAGGTGTATGCAGACGCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1638 bp · LXL04_017012|LXL04_017012|OH1004|CDS

ATGAAAAAGAAATCGAATAAAGCTTACAACAAGGTAGATTATGCAGAAGAATGGTGCTTTCAATGCAAAGATGGTGGCGATTTAATCATTTGCGACCACAAGAATTGTTTCAAGTCGTATCATTCACATCCAGAATGCACACAACAGGGCAAGTCATCTATAAATCGTCGATTTATATGTGTTCTGCATAAATGTGATGTTTGTGGTAGAGCTTCCGATGTCCATTGTTATGGCTGTCCGAAAGGTGTATGCAGACGCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

545 aa · LXL04_017012|LXL04_017012|OH1004|PROTEIN

MKKKSNKAYNKVDYAEEWCFQCKDGGDLIICDHKNCFKSYHSHPECTQQGKSSINRRFICVLHKCDVCGRASDVHCYGCPKGVCRRCIKSTDFVHVKGKKGFCSYCLKLSLLIEENKDVDSDGETIDFNNRDTYETLYKEYWEIINAKEKLTLDDLISANGQLNTGKNYDSDKYDDSDGYQCSDYEEKGDDDDMELHEKKPKKPKPESSKTKRKGQEKLKPKSKEKEKLKSNKEEFMGWGSTRLIKFLSYIEKDTTNPLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017012`
TK1151 ID	TkA02G084190
OH-1004 ID	LXL04_017012
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 73.786 / OH-1004 97.615 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017012

位置 Chr03:138845933-138848999 (+)

描述 Similar to At5g08430: Uncharacterized protein At5g08430

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08430`	未表征蛋白 At5g08430。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q9SIV5`	在整合 RNA 沉默和染色质信号方面发挥核心作用，通过 21 nt siRNA 依赖的胞嘧啶 DNA 甲基化途径导致特定序列的转录基因沉默。	暂无已核实直接文献
`At3g51120`	含锌指CCCH结构域蛋白44。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017012 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0070201 regulation of establishment of protein localization 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:2001032 regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16485

ath:AT5G08430

hsa:7468

mmu:107823

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.957

排名 1 · LXL04_017012 · OH-1004

细胞质0.121

排名 2 · LXL04_017012 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 3 · LXL04_017012 · OH-1004

线粒体0.011

排名 4 · LXL04_017012 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_017012 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03126.24Plus-3385-482 aa

PF25980.1NERD_plant504-534 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017012	`PF03126.24`	Plus-3	385	482	3.5e-14	53.9
LXL04_017012	`PF25980.1`	NERD_plant	504	534	5.3e-16	58.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FT92`	拟南芥	Uncharacterized protein At5g08430	41.270%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SIV5`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 19	28.172%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SD34`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 44	27.324%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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