LXL04_017010 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017010

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 138835290-138836171 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

882 bp · LXL04_017010|LXL04_017010|OH1004|cDNA

ATGGGATACCTCAATTCATCCGTATCATCCGCCATAGCGGGTCAACCCAACGGTGAGTCACCCGTAAGTGGCGGCGGGTTAAGCCAAGACTCCAAATTCAGTTACGGGTTCGCCAGCTCACCGGGAAAACGGTCATCAATGGAGGATTTCTACGAGGCGAGAATCGACGGCGTGGACGGCGAAACCGTCGGATTATTCGGCGTCTTCGACGGCCACGGCGGCGCGCGTGCGGCCGAATACGTAAAACAACACCTCTTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

882 bp · LXL04_017010|LXL04_017010|OH1004|CDS

ATGGGATACCTCAATTCATCCGTATCATCCGCCATAGCGGGTCAACCCAACGGTGAGTCACCCGTAAGTGGCGGCGGGTTAAGCCAAGACTCCAAATTCAGTTACGGGTTCGCCAGCTCACCGGGAAAACGGTCATCAATGGAGGATTTCTACGAGGCGAGAATCGACGGCGTGGACGGCGAAACCGTCGGATTATTCGGCGTCTTCGACGGCCACGGCGGCGCGCGTGCGGCCGAATACGTAAAACAACACCTCTTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

293 aa · LXL04_017010|LXL04_017010|OH1004|PROTEIN

MGYLNSSVSSAIAGQPNGESPVSGGGLSQDSKFSYGFASSPGKRSSMEDFYEARIDGVDGETVGLFGVFDGHGGARAAEYVKQHLFTNLIKHPKFISDTKAAIAEAYSHTDTEFLKSENNQNRDAGSTASTAILVGDRLLVANVGDSRAVISRGGKAFAVSRDHKPDQTDERQRIEDAGGFVMWAGTWRVGGVLAVSRAFGDKLLKQYVVADPEIQEEKVDNSLEFLILASDGLWDVVSNDEAVAMVGPIESPEEAANRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017010`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017010

位置 Chr03:138835290-138836171 (+)

描述 Similar to WIN2: Probable protein phosphatase 2C 59

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31750`	蛋白磷酸酶，调节对病原菌的防御反应，赋予抵抗力并促进水杨酸积累。	Arabidopsis proteins important for modulating defense responses to Pseudomonas syringae that secrete HopW1-1.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03439.x
`At5g24940`	可能的蛋白磷酸酶 2C 71。	暂无已核实直接文献
`At5g10740`	可能的蛋白质磷酸酶 2C 69。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0149800`	可能的蛋白磷酸酶2C 10。	暂无已核实直接文献
`Os06g0698300`	可能的蛋白质磷酸酶2C 59。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017010 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:1902531 regulation of intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G31750

ath:AT5G10740

ath:AT5G24940

dosa:Os02g0149800

dosa:Os06g0698300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.540

排名 1 · LXL04_017010 · OH-1004

细胞核0.424

排名 2 · LXL04_017010 · OH-1004

细胞膜0.165

排名 3 · LXL04_017010 · OH-1004

内质网0.068

排名 4 · LXL04_017010 · OH-1004

溶酶体／液泡0.065

排名 5 · LXL04_017010 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00481.27PP2C35-273 aa

PF13672.12PP2C_278-250 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017010	`PF00481.27`	PP2C	35	273	2.5e-66	224.6
LXL04_017010	`PF13672.12`	PP2C_2	78	250	4e-06	27.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXV3`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 59	82.253%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q4PSE8`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 71	78.369%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LAY8`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 69	78.799%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67UX7`	水稻	Probable protein phosphatase 2C 10	83.643%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5Z6F5`	水稻	Probable protein phosphatase 2C 59	84.314%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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