基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_016980
当前版本: OH-1004
染色体: Chr03
坐标: 138320845-138326861
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2148 bp · LXL04_016980|LXL04_016980|OH1004|cDNA
ATGGGGTGTATGTGCTCGAAAGGAATTTCAACAAACGAGTACGCAGAGAAAGAATCAAAGAGATCGTCCAAACGCTTTCTCGGTTCTTCAAGGAGGGACGAAGTTGCAGTCGAGGTCGACAATGGCGGCAATGATGCTGCTACTACCAGACTTATCTCAGAGGATAACAGAGAACACACAGCAAGTTCACGGCAAACACCATGGGAAcaacaaaaagaagaagaagaagagagaaagagcGTGGTTTATGAACAAGTACA...
CDS
下载 CDS FASTA2148 bp · LXL04_016980|LXL04_016980|OH1004|CDS
ATGGGGTGTATGTGCTCGAAAGGAATTTCAACAAACGAGTACGCAGAGAAAGAATCAAAGAGATCGTCCAAACGCTTTCTCGGTTCTTCAAGGAGGGACGAAGTTGCAGTCGAGGTCGACAATGGCGGCAATGATGCTGCTACTACCAGACTTATCTCAGAGGATAACAGAGAACACACAGCAAGTTCACGGCAAACACCATGGGAACAACAAAAAGAAGAAGAAGAAGAGAGAAAGAGCGTGGTTTATGAACAAGTACA...
715 aa · LXL04_016980|LXL04_016980|OH1004|PROTEIN
MGCMCSKGISTNEYAEKESKRSSKRFLGSSRRDEVAVEVDNGGNDAATTRLISEDNREHTASSRQTPWEQQKEEEEERKSVVYEQVQVQVKSQVQPLVQLSQNPIEAKGNGDIHIQQPEICRIYNVANGVDVTQEAAGWPSWLTAVAGEAIKGLLPRKADSFEKLDKIGQGTYSSVYRARDLESGKIVALKKVRFTKMDPESVRFMAREIIVLRRLDHPNVMKLEGLLTSRVSGNLYLVFDYMEHDLAGLAASPIIKFTE...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_016980 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA02G086010 |
| OH-1004 ID | LXL04_016980 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Strict |
| 蛋白一致性 (%) | 99.200 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_016980 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr03:138320845-138326861 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to At1g09600: Probable serine/threonine-protein kinase At1g09600 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程 GO:0009615 response to virus 生物过程 GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程 GO:1902290 positive regulation of defense response to oomycetes 生物过程 GO:2000031 regulation of salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0000307 cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0004693 cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G09600 ath:AT1G18670 ath:AT1G54610 ath:AT5G39420 dosa:Os01g0958000 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞膜0.478
细胞质0.402
细胞核0.276
高尔基体0.056
内质网0.049
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00069.32Pkinase162-447 aaPF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr165-376 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_016980 | PF00069.32 | Pkinase | 162 | 447 | 1.6e-65 | 221.8 |
| LXL04_016980 | PF07714.24 | PK_Tyr_Ser-Thr | 165 | 376 | 3.5e-29 | 102.6 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
F4I114 | 拟南芥 | Probable serine/threonine-protein kinase At1g09600 | 56.380% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9ZVM9 | 拟南芥 | Probable serine/threonine-protein kinase At1g54610 | 66.180% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
F4ICB6 | 拟南芥 | Protein IMPAIRED IN BABA-INDUCED STERILITY 1 | 46.774% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
B5X564 | 拟南芥 | Cyclin-dependent kinase C-2 C | 47.323% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q5JK68 | 水稻 | Cyclin-dependent kinase C-2 | 54.192% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |