LXL04_016974 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016974

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 138238013-138241323 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

891 bp · LXL04_016974|LXL04_016974|OH1004|cDNA

ATGGAGAATAGAATACCACCAGGAAGTTACTTCCAGTACTCTCCTACTGGAGTTCATAGTTCACTCCAGAGGTCTTCGTCTCCCTCAGATCGTGAAAGATATTTGGCAGAATTACTTGCAGAGAGGCAAAAGTTGGCACCATTTATGCAAGTCATGCCAATATGCAGCAGGCTCCTAAATCAAGAGATCATGAAAACATCGGGAATGGTGTCGAATCATAATTTTGTGGATCATGAAAGGATGTTGCGTGACAGGTCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

891 bp · LXL04_016974|LXL04_016974|OH1004|CDS

ATGGAGAATAGAATACCACCAGGAAGTTACTTCCAGTACTCTCCTACTGGAGTTCATAGTTCACTCCAGAGGTCTTCGTCTCCCTCAGATCGTGAAAGATATTTGGCAGAATTACTTGCAGAGAGGCAAAAGTTGGCACCATTTATGCAAGTCATGCCAATATGCAGCAGGCTCCTAAATCAAGAGATCATGAAAACATCGGGAATGGTGTCGAATCATAATTTTGTGGATCATGAAAGGATGTTGCGTGACAGGTCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

296 aa · LXL04_016974|LXL04_016974|OH1004|PROTEIN

MENRIPPGSYFQYSPTGVHSSLQRSSSPSDRERYLAELLAERQKLAPFMQVMPICSRLLNQEIMKTSGMVSNHNFVDHERMLRDRSSFRSFNQKPNRGPMDVEAWPPMQPEDNRLLQRMASFQASAMGWPASPGMATTPTVIKKVIRLDVPVEKFPNYNFVGRILGPRGNSLKRIEAMTECRIYIRGRGSVKDSVKEEKLKDKPGYEHLNDPLHLLLEAEFPEDMIDSRLDHAVALLENLLKPVDESMDTYKKHQLRELA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016974`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016974

位置 Chr03:138238013-138241323 (+)

描述 Similar to At1g09660/At1g09670: KH domain-containing protein At1g09660/At1g09670

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q8GWR3`	含KH结构域的蛋白At1g09660/At1g09670。	暂无已核实直接文献
`At3g08620`	含 KH 域的蛋白 At3g08620。	暂无已核实直接文献
`At2g38610`	含 KH 域的蛋白 At2g38610。	暂无已核实直接文献
`At4g26480`	含 KH 结构域的蛋白 At4g26480。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0815700`	参与开花时间控制。	SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016974 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0048024 regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0048577 negative regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09660

ath:AT2G38610

ath:AT3G08620

ath:AT4G26480

dosa:Os03g0815700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.861

排名 1 · LXL04_016974 · OH-1004

细胞质0.279

排名 2 · LXL04_016974 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 3 · LXL04_016974 · OH-1004

线粒体0.022

排名 4 · LXL04_016974 · OH-1004

内质网0.012

排名 5 · LXL04_016974 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16544.11STAR_dimer30-79 aa

PF22675.3KH-I_KHDC4-BBP155-242 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016974	`PF16544.11`	STAR_dimer	30	79	2.9e-13	49.8
LXL04_016974	`PF22675.3`	KH-I_KHDC4-BBP	155	242	9.4e-21	74.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWR3`	拟南芥	KH domain-containing protein At1g09660/At1g09670	63.423%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GYR4`	拟南芥	KH domain-containing protein At3g08620	50.865%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZVI3`	拟南芥	KH domain-containing protein At2g38610	51.557%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WLR1`	拟南芥	KH domain-containing protein At4g26480	49.627%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q75GR5`	水稻	KH domain-containing protein SPIN1	56.159%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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