LXL04_016944 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016944

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 137374563-137379673 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1605 bp · LXL04_016944|LXL04_016944|OH1004|cDNA

ATGATTGCATTCTCTCCTAGCTTCTCTCATCTCACACTCCATACCCAACCACACCATCGTTCTAGAATCCAACATTACAATCAAATCCCTCTTCTTAGATCCAACATTACAATCAAATCCACAATCCCCATTTCTCAAAACCCTAAACAACAACTTTCAAGATCAAGCATTTCCAAGATCCGATCATGTCAAACCAATTCCGGAGAAGGATCACCTCCCGCGACTATCTCTACAGCAAACACCAAATTGGAAAATGTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1605 bp · LXL04_016944|LXL04_016944|OH1004|CDS

ATGATTGCATTCTCTCCTAGCTTCTCTCATCTCACACTCCATACCCAACCACACCATCGTTCTAGAATCCAACATTACAATCAAATCCCTCTTCTTAGATCCAACATTACAATCAAATCCACAATCCCCATTTCTCAAAACCCTAAACAACAACTTTCAAGATCAAGCATTTCCAAGATCCGATCATGTCAAACCAATTCCGGAGAAGGATCACCTCCCGCGACTATCTCTACAGCAAACACCAAATTGGAAAATGTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

534 aa · LXL04_016944|LXL04_016944|OH1004|PROTEIN

MIAFSPSFSHLTLHTQPHHRSRIQHYNQIPLLRSNITIKSTIPISQNPKQQLSRSSISKIRSCQTNSGEGSPPATISTANTKLENVLYPVYVTVGGVVACLKPSTFSWFVERAPNSYSFSLGFIMLAMGLTLEFKDLVNLFMERPLSILYGCASQYTIMPFFGFMISKLLGLSTSLSVGLILLSCCPGGTASNVVTLIAQGDVPLSIVMTVCSTLGAVLLTPLLTMVLAGTYVHVDALKLSISTMQVVVAPVLVGSYLQS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016944`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016944

位置 Chr03:137374563-137379673 (-)

描述 Similar to BASS1: Probable sodium/metabolite cotransporter BASS1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78560`	可能作为钠偶联代谢物运输体在叶绿体外膜上发挥功能。	暂无已核实直接文献
`At2g26900`	钠偶联代谢物转运蛋白，在丙酮酸穿过叶绿体包膜的转运中起着至关重要的作用。	A plastidial sodium-dependent pyruvate transporter.2011 · DOI: 10.1038/nature10250

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0645200`	可能作为钠偶联代谢物运输体在叶绿体外膜上发挥功能。	暂无已核实直接文献
`Os04g0381100`	可能作为钠偶联代谢物运输体在叶绿体外膜上发挥功能。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016944 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0006849 plasma membrane pyruvate transport 生物过程

GO:0098717 pantothenate import across plasma membrane 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0015293 symporter activity 分子功能

GO:0050833 pyruvate transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G78560

ath:AT2G26900

bsu:BSU19350

dosa:Os01g0645200

dosa:Os04g0381100

osa:4335634

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.973

排名 1 · LXL04_016944 · OH-1004

线粒体0.023

排名 2 · LXL04_016944 · OH-1004

细胞核0.021

排名 3 · LXL04_016944 · OH-1004

过氧化物酶体0.020

排名 4 · LXL04_016944 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 5 · LXL04_016944 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01758.22SBF120-297 aa

PF13593.12SBF_like120-382 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016944	`PF01758.22`	SBF	120	297	5e-40	137.9
LXL04_016944	`PF13593.12`	SBF_like	120	382	1.5e-16	61.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YR2`	拟南芥	Probable sodium/metabolite cotransporter BASS1, chloroplastic	43.312%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1EBV7`	拟南芥	Sodium/pyruvate cotransporter BASS2, chloroplastic	37.563%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5VRB2`	水稻	Probable sodium/metabolite cotransporter BASS2, chloroplastic	40.510%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XVB3`	水稻	Probable sodium/metabolite cotransporter BASS1, chloroplastic	42.675%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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