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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_016943
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 137370224-137373949 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3406 bp · LXL04_016943|LXL04_016943|OH1004|cDNA

ATGGCggcttcatcatcttcatcttcatccaTTCACAAGAGCTTCAAATACGATGTATTTTTGAGTTTTAGAGGTTCAGACACTCGTAAGAACTTCATCGGTCATCTTTATCAGGCTCTTAAGGAGAAAGGCGTTTACACTTACAAGGACGACGAGAGAATCACAAAAGGGAAAAGGATCAGTGATGACCTCCTCCGATCTATTGAAGATTCACAATTTTACATTGTGGTTTTCTCAAAGAACTATGCTTCTTCATCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

3255 bp · LXL04_016943|LXL04_016943|OH1004|CDS

ATGGCGGCTTCATCATCTTCATCTTCATCCATTCACAAGAGCTTCAAATACGATGTATTTTTGAGTTTTAGAGGTTCAGACACTCGTAAGAACTTCATCGGTCATCTTTATCAGGCTCTTAAGGAGAAAGGCGTTTACACTTACAAGGACGACGAGAGAATCACAAAAGGGAAAAGGATCAGTGATGACCTCCTCCGATCTATTGAAGATTCACAATTTTACATTGTGGTTTTCTCAAAGAACTATGCTTCTTCATCATG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1084 aa · LXL04_016943|LXL04_016943|OH1004|PROTEIN

MAASSSSSSSIHKSFKYDVFLSFRGSDTRKNFIGHLYQALKEKGVYTYKDDERITKGKRISDDLLRSIEDSQFYIVVFSKNYASSSWCLDELVKIMECHKSTKHTAYPVFYDVEPTEVRYQTGVVGEAFSKHENHEAAGKWRNALKEAADLAGWELKNTADGSEAKFIKKIIENITLELYNINFSFDKKLVGIENRVDDIVSSLEIGIDDVRMIGIKGMGGAGKTTLARSVFDKISIRFEGKSFVENIREVTNNPLSGLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_016943
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_016943
位置Chr03:137370224-137373949 (+)
描述Similar to RPV1: Disease resistance protein RPV1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g16890 TIR-NB-LRR 型病害抗性蛋白。
A gain-of-function mutation in a plant disease resistance gene leads to constitutive activation of downstream signal transduction pathways in suppressor of npr1-1, constitutive 1.2003 · DOI: 10.1105/tpc.015842
Arabidopsis resistance protein SNC1 activates immune responses through association with a transcriptional corepressor.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1002828107
Abscisic acid deficiency antagonizes high-temperature inhibition of disease resistance through enhancing nuclear accumulation of resistance proteins SNC1 and RPS4 in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.096198

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016943 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程
GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能
GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能
GO:0043531 ADP binding 分子功能
GO:0050135 NADP+ nucleosidase activity 分子功能
GO:0061809 NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating 分子功能
KEGG 基因交叉引用暂无功能描述
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.391
排名 1 · LXL04_016943 · OH-1004
细胞膜0.272
排名 2 · LXL04_016943 · OH-1004
细胞核0.219
排名 3 · LXL04_016943 · OH-1004
内质网0.120
排名 4 · LXL04_016943 · OH-1004
细胞外0.069
排名 5 · LXL04_016943 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR16-179 aa
PF13676.12TIR_219-115 aa
PF00931.29NB-ARC194-365 aa
PF23282.2WHD_ROQ1433-502 aa
PF13855.13LRR_8651-709 aa
PF23598.2LRR_14653-734 aa
PF23598.2LRR_14720-802 aa
PF13855.13LRR_8722-780 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_016943PF01582.26TIR161792.2e-50171.6
LXL04_016943PF13676.12TIR_2191152.3e-1454.7
LXL04_016943PF00931.29NB-ARC1943656.4e-2175.4
LXL04_016943PF23282.2WHD_ROQ14335022.1e-1763.7
LXL04_016943PF13855.13LRR_86517092.6e-32111.1
LXL04_016943PF23598.2LRR_146537341.2e-54186.2
LXL04_016943PF23598.2LRR_147208021.2e-54186.2
LXL04_016943PF13855.13LRR_87227802.6e-32111.1
LXL04_016943PF13855.13LRR_87698262.6e-32111.1
LXL04_016943PF23598.2LRR_147828411.2e-54186.2
LXL04_016943PF23598.2LRR_148098951.2e-54186.2
LXL04_016943PF23598.2LRR_148769181.2e-54186.2
LXL04_016943PF23598.2LRR_149059651.2e-54186.2
LXL04_016943PF23598.2LRR_1495210321.2e-54186.2
LXL04_016943PF13855.13LRR_898210362.6e-32111.1
LXL04_016943PF23598.2LRR_14100210511.2e-54186.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O23530拟南芥Protein SUPPRESSOR OF npr1-1, CONSTITUTIVE 131.697%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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