LXL04_016927 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016927

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 137063924-137073684 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3633 bp · LXL04_016927|LXL04_016927|OH1004|cDNA

ATGACAGAGGCAAACCATATGAATATAAGCAACCTTGGTGGAGGTTCTAAACATGTGGACAAGCCTACAAAGGACAACTGGTCTCAGCATGCTATAGCACACAATAATTTCTCAAACCAAGATAAATTCTTGAAATCAAGTTTTCTTTTCTCTTTGTCAACACAAAAACCTTGTGTTCAAGGAGCCATGTCAGCAGCTTTAAGATCACTGTCTTCCCAATTTCAAAATGTTACAAATTCACACAGTCCACATGCTGACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3633 bp · LXL04_016927|LXL04_016927|OH1004|CDS

ATGACAGAGGCAAACCATATGAATATAAGCAACCTTGGTGGAGGTTCTAAACATGTGGACAAGCCTACAAAGGACAACTGGTCTCAGCATGCTATAGCACACAATAATTTCTCAAACCAAGATAAATTCTTGAAATCAAGTTTTCTTTTCTCTTTGTCAACACAAAAACCTTGTGTTCAAGGAGCCATGTCAGCAGCTTTAAGATCACTGTCTTCCCAATTTCAAAATGTTACAAATTCACACAGTCCACATGCTGACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1210 aa · LXL04_016927|LXL04_016927|OH1004|PROTEIN

MTEANHMNISNLGGGSKHVDKPTKDNWSQHAIAHNNFSNQDKFLKSSFLFSLSTQKPCVQGAMSAALRSLSSQFQNVTNSHSPHADKAWQALSNLKLSSRNYIKPGKSRPVANNGGSGSVQDVRKATQQFSSHVNNKNLAQNQSNETNEARHTADRFPPAGTSVTEASGKFGTRFSGGGGYASNPVDASRRNMNGSYNYATNAGHFKGFQETDTGGFDDDDDDILQSLDLDQIVNQHYQSTCTPPSSSTLKFPPVNPAGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016927`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016927

位置 Chr03:137063924-137073684 (-)

描述 Similar to RECQL4A: ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10930`	参与 DNA 修复的 DNA 解旋酶。	Arabidopsis RecQI4A suppresses homologous recombination and modulates DNA damage responses.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02501.x Two closely related RecQ helicases have antagonistic roles in homologous recombination and DNA repair in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705998104 Topoisomerase 3alpha and RMI1 suppress somatic crossovers and are essential for resolution of meiotic recombination intermediates in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000285 The RecQ helicase AtRECQ4A is required to remove inter-chromosomal telomeric connections that arise during meiotic recombination in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04438.x
`At1g60930`	可能参与DNA修复的3'-5' DNA解旋酶（通过相似性预测）。	Two closely related RecQ helicases have antagonistic roles in homologous recombination and DNA repair in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705998104

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016927 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000079 regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000725 recombinational repair 生物过程

GO:0000729 DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006301 DNA damage tolerance 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007095 mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0010165 response to X-ray 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10930

ath:AT1G60930

mmu:12144

spo:2541620

xla:373628

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.854

排名 1 · LXL04_016927 · OH-1004

细胞质0.210

排名 2 · LXL04_016927 · OH-1004

线粒体0.044

排名 3 · LXL04_016927 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 4 · LXL04_016927 · OH-1004

内质网0.014

排名 5 · LXL04_016927 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851.22ResIII463-629 aa

PF00270.36DEAD467-634 aa

PF00271.38Helicase_C671-778 aa

PF16124.11RecQ_Zn_bind819-870 aa

PF09382.18RQC878-991 aa

PF00570.29HRDC1035-1105 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016927	`PF04851.22`	ResIII	463	629	4.9e-06	27.3
LXL04_016927	`PF00270.36`	DEAD	467	634	2e-26	93.5
LXL04_016927	`PF00271.38`	Helicase_C	671	778	9.7e-23	81.2
LXL04_016927	`PF16124.11`	RecQ_Zn_bind	819	870	1.1e-13	52.4
LXL04_016927	`PF09382.18`	RQC	878	991	1.4e-21	77.2
LXL04_016927	`PF00570.29`	HRDC	1035	1105	4.4e-11	43.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L840`	拟南芥	ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A	53.522%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FT70`	拟南芥	ATP-dependent DNA helicase Q-like 4B	51.051%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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