LXL04_016889 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016889

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 136231312-136232834 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

618 bp · LXL04_016889|LXL04_016889|OH1004|cDNA

ATGTTTCAGCCTGCTCCAGATCCGCCGGGACAAGTCTTCGTCAAATTCAACGGTATTGTAATTGTGCATATAATCAGAATCGTTCACAAAGCCAAATTCTGGTTCACAGAACAACAGCCATCCCCAGGTTGGGTTAAGGCATTCACAGTAGCTGCTTACCAGCCCTACTTACCAGCAGTTCTTCTTTCTTTGGCAATGCAAGGTGTATTTCATGGTTTTAAGGATACCAAAACCCCATTATATGCCACCGgtttttattt...

CDS

下载 CDS FASTA

618 bp · LXL04_016889|LXL04_016889|OH1004|CDS

ATGTTTCAGCCTGCTCCAGATCCGCCGGGACAAGTCTTCGTCAAATTCAACGGTATTGTAATTGTGCATATAATCAGAATCGTTCACAAAGCCAAATTCTGGTTCACAGAACAACAGCCATCCCCAGGTTGGGTTAAGGCATTCACAGTAGCTGCTTACCAGCCCTACTTACCAGCAGTTCTTCTTTCTTTGGCAATGCAAGGTGTATTTCATGGTTTTAAGGATACCAAAACCCCATTATATGCCACCGGTTTTTATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

205 aa · LXL04_016889|LXL04_016889|OH1004|PROTEIN

MFQPAPDPPGQVFVKFNGIVIVHIIRIVHKAKFWFTEQQPSPGWVKAFTVAAYQPYLPAVLLSLAMQGVFHGFKDTKTPLYATGFYLLFKVIASTICVTLAASFAARLGAKPMAAFQICLQVWMASSLLADGLAVAGQAIIATSIAEKNYEKTTATAVRVLQMGAKFIQKGRRENIFKEVFGEIEEEKTKILLENRPFVCTSFIF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016889`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016889

位置 Chr03:136231312-136232834 (-)

描述 Similar to DTX43: Protein DETOXIFICATION 43

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g08040`	柠檬酸盐转运蛋白负责将柠檬酸盐装载到木质部组织中，这有助于促进铁向芽的运输。	FRD3, a member of the multidrug and toxin efflux family, controls iron deficiency responses in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001495 FRD3 controls iron localization in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.045633 The FRD3-mediated efflux of citrate into the root vasculature is necessary for efficient iron translocation.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.097162 The FRD3 citrate effluxer promotes iron nutrition between symplastically disconnected tissues throughout Arabidopsis development.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.088088
`At1g51340`	柠檬酸盐转运蛋白对于铝耐受性至关重要。	Aluminum-activated citrate and malate transporters from the MATE and ALMT families function independently to confer Arabidopsis aluminum tolerance.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03696.x A promoter-swap strategy between the AtALMT and AtMATE genes increased Arabidopsis aluminum resistance and improved carbon-use efficiency for aluminum resistance.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.04994.x
`At4g38380`	蛋白解毒45，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At2g38330`	蛋白质解毒 44，叶绿体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016889 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006879 intracellular iron ion homeostasis 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0015746 citrate transport 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0030001 metal ion transport 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0060586 multicellular organismal-level iron ion homeostasis 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0035618 root hair 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51340

ath:AT3G08040

ath:AT4G38380

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.247

排名 1 · LXL04_016889 · OH-1004

细胞质0.163

排名 2 · LXL04_016889 · OH-1004

溶酶体／液泡0.158

排名 3 · LXL04_016889 · OH-1004

细胞外0.130

排名 4 · LXL04_016889 · OH-1004

细胞膜0.118

排名 5 · LXL04_016889 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01554.24MatE88-161 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016889	`PF01554.24`	MatE	88	161	1.5e-09	38.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SFB0`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 43	70.732%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SYD6`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 42	65.854%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SVE7`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 45, chloroplastic	42.683%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84K71`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 44, chloroplastic	39.024%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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