LXL04_016810 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016810

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 134484713-134490245 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1923 bp · LXL04_016810|LXL04_016810|OH1004|cDNA

atgtatttAATGCTGAGTCCAAGCAGTTTTCTTCACAACAGTCCCAGCCATCAAGTTGGTGTTACTTCAGCCATCTGTTGCAATAGAACTACATTCAGGAGCTTTAACCACATTTCTTTTTATTCatgctcttcttcttcttcttcatgtTCAATGATCAACCAACAAATTGCTCGATCCATGACTTGTCGTGCATCCATGGAAACTGATGTTTCAATTAAGAAGGATCAAATACCACCAGCTCATGGACTATCTGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1923 bp · LXL04_016810|LXL04_016810|OH1004|CDS

ATGTATTTAATGCTGAGTCCAAGCAGTTTTCTTCACAACAGTCCCAGCCATCAAGTTGGTGTTACTTCAGCCATCTGTTGCAATAGAACTACATTCAGGAGCTTTAACCACATTTCTTTTTATTCATGCTCTTCTTCTTCTTCTTCATGTTCAATGATCAACCAACAAATTGCTCGATCCATGACTTGTCGTGCATCCATGGAAACTGATGTTTCAATTAAGAAGGATCAAATACCACCAGCTCATGGACTATCTGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

640 aa · LXL04_016810|LXL04_016810|OH1004|PROTEIN

MYLMLSPSSFLHNSPSHQVGVTSAICCNRTTFRSFNHISFYSCSSSSSSCSMINQQIARSMTCRASMETDVSIKKDQIPPAHGLSEKIVGVLGGGQLGRMLCQAASQMSIKVNILDPLVNCPASTICHHHMVGSFDNSTTVEEFAKRCDILTVEIEHVDADTLEKLEKQGVDCQPKASTIRIIQDKFLQKVHFSRHGIPLPKFMQIDDEESAKKAGLEFGYPLMVKSRRLAYDGRGNAVAKSEQELTSAINALGGFGHGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016810`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_016810`
位置	Chr03:134484713-134490245 (-)
描述	Similar to PURKE: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, chloroplastic (Fragment)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_016810` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006144 purine nucleobase metabolic process 生物过程 GO:0006189 'de novo' IMP biosynthetic process 生物过程 GO:0009113 purine nucleobase biosynthetic process 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0004638 phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	cgr:2890129 sce:YOR128C spo:2538734 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.918

排名 1 · LXL04_016810 · OH-1004

线粒体0.128

排名 2 · LXL04_016810 · OH-1004

细胞质0.031

排名 3 · LXL04_016810 · OH-1004

细胞核0.019

排名 4 · LXL04_016810 · OH-1004

过氧化物酶体0.014

排名 5 · LXL04_016810 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22660.3RS_preATP-grasp-like88-184 aa

PF02786.23CPSase_L_D2190-355 aa

PF02222.28ATP-grasp192-370 aa

PF07478.19Dala_Dala_lig_C194-354 aa

PF17769.8PurK_C392-453 aa

PF00731.27AIRC474-619 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016810	`PF22660.3`	RS_preATP-grasp-like	88	184	1.6e-31	109.2
LXL04_016810	`PF02786.23`	CPSase_L_D2	190	355	3.2e-06	27.5
LXL04_016810	`PF02222.28`	ATP-grasp	192	370	1e-62	211.7
LXL04_016810	`PF07478.19`	Dala_Dala_lig_C	194	354	4e-10	40.2
LXL04_016810	`PF17769.8`	PurK_C	392	453	6.5e-17	61.7
LXL04_016810	`PF00731.27`	AIRC	474	619	1.3e-66	223.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情