LXL04_016746 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016746

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 132616017-132617000 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

819 bp · LXL04_016746|LXL04_016746|OH1004|cDNA

ATGGAGCATTTACCGGAAGACTGCATAGTGGACGTCCTCTCTCGTGTGTCACCTCGGGATGTGTGCAGGTTTACAGTGACGGCTTCCGCAATTAGAGATGCTGTAGAGTCGGAGGTGTTGTGGGATAAGTTATTGCCACCCCATTATCAAGAAATCATATCAAGAAGTGTGTCTCCATTGACGTTCAAATCCAAGAAGGATCTCTTCTTTAAGCTTTCATCTCCTCTTCTCATTGATGGTGGCCTAAAGACATTCTCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

819 bp · LXL04_016746|LXL04_016746|OH1004|CDS

ATGGAGCATTTACCGGAAGACTGCATAGTGGACGTCCTCTCTCGTGTGTCACCTCGGGATGTGTGCAGGTTTACAGTGACGGCTTCCGCAATTAGAGATGCTGTAGAGTCGGAGGTGTTGTGGGATAAGTTATTGCCACCCCATTATCAAGAAATCATATCAAGAAGTGTGTCTCCATTGACGTTCAAATCCAAGAAGGATCTCTTCTTTAAGCTTTCATCTCCTCTTCTCATTGATGGTGGCCTAAAGACATTCTCGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

272 aa · LXL04_016746|LXL04_016746|OH1004|PROTEIN

MEHLPEDCIVDVLSRVSPRDVCRFTVTASAIRDAVESEVLWDKLLPPHYQEIISRSVSPLTFKSKKDLFFKLSSPLLIDGGLKTFSIQKATGKKCYMLSARDLYIAWSANSLFWCWKPLIKSRFSEVVELRMTSWLEIVGKINTRSLSPNTHYGAYLITEVARYRAFGLDALPCEVSVEVGEYRSQGKIIFSHNKCSNPCRLDEYKKGLRSKFGEEISSVCYEREDGWLEIELGGFYNDGSCDKEVKMSLREVNGVHLKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016746`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016746

位置 Chr03:132616017-132617000 (+)

描述 Similar to PP2B15: F-box protein PP2-B15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09155`	F-box 蛋白 PP2-B15。	暂无已核实直接文献
`At1g56240`	F-盒蛋白 PP2-B13。	暂无已核实直接文献
`At1g56250`	SCF(VBF) E3 泛素连接酶复合物的组分，在靶蛋白如 VIP1 及农杆菌 virE2 参与 T-DNA 转运至宿主细胞核后，介导其泛素化及随后蛋白酶体降解（可功能性替代农杆菌 VirF）。	暂无已核实直接文献
`At2g02240`	F-box 蛋白 At2g02240。	暂无已核实直接文献
`At2g02360`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016746 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09155

ath:AT1G56240

ath:AT1G56250

ath:AT2G02240

ath:AT2G02360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.559

排名 1 · LXL04_016746 · OH-1004

细胞核0.529

排名 2 · LXL04_016746 · OH-1004

细胞膜0.067

排名 3 · LXL04_016746 · OH-1004

内质网0.062

排名 4 · LXL04_016746 · OH-1004

溶酶体／液泡0.034

排名 5 · LXL04_016746 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937.13F-box-like2-44 aa

PF00646.39F-box2-42 aa

PF14299.14PP293-271 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016746	`PF12937.13`	F-box-like	2	44	4.9e-06	26.9
LXL04_016746	`PF00646.39`	F-box	2	42	7.3e-06	26.4
LXL04_016746	`PF14299.14`	PP2	93	271	7.9e-49	166.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80494`	拟南芥	F-box protein PP2-B15	45.683%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C7J9`	拟南芥	F-box protein PP2-B13	41.522%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C7K0`	拟南芥	F-box protein VBF	41.319%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3E6P4`	拟南芥	F-box protein At2g02240	39.706%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZVQ6`	拟南芥	F-box protein PP2-B10	38.182%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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