LXL04_016719 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016719

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 132145116-132147527 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1068 bp · LXL04_016719|LXL04_016719|OH1004|cDNA

GAAGATGCTGCTGTTCATGTTTTTAACAAGAATGGCATCTTCAATCTCTCTCTTATTTTTGTCTCTCTCAACTGGTTTCAGGGGAGAACCAGTGGTAGTCGGCTGTATTgtagagagaaagagatggcGATTCTTCAGGTTATGTCGTCCCTCATTCCATCTTCCTCGCCGATTCCCTTATCTAAATGTCAAATTCCGCCAAATTccgtccacctatcatcagttGATCAGTACCAGCATCCTCGATTCTCATCTCTGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

966 bp · LXL04_016719|LXL04_016719|OH1004|CDS

CTGTATTGTAGAGAGAAAGAGATGGCGATTCTTCAGGTTATGTCGTCCCTCATTCCATCTTCCTCGCCGATTCCCTTATCTAAATGTCAAATTCCGCCAAATTCCGTCCACCTATCATCAGTTGATCAGTACCAGCATCCTCGATTCTCATCTCTGTGCTCGTTAAGTAAAAGAAATTCAACTTCTAGTAGACGTCATTCAGGTTTTACAGTCACTTGCTCCAGTAATGATTCTGCTAGCATTATAAACGAGAGCACTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

321 aa · LXL04_016719|LXL04_016719|OH1004|PROTEIN

MYCREKEMAILQVMSSLIPSSSPIPLSKCQIPPNSVHLSSVDQYQHPRFSSLCSLSKRNSTSSRRHSGFTVTCSSNDSASIINESTEFVKEKSVSVVLLAGGKGTRMGASMPKQYLPLLGQPIALYSFYTFSKMPEVKEIIVVCDPSYRDIFEGAGEKINIGLKFALPGKERQDSVYSGLQAIDLNSELACIHDSARPLVTCSDVQKVLNDGLRVGASVLGVPAKATIKEANSESFVVKTLDRKTLWEMQTPQVIKPELL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016719`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016719

位置 Chr03:132145116-132147527 (-)

描述 Similar to ISPD: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g02500`	色素体非甲羟戊酸(MEP)途径异戊二烯生物合成酶，催化由CTP和2-C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(MEP)生成4-二磷酸胞苷-2-C-甲基-D-赤藓糖醇的反应。	Biosynthesis of terpenoids: 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase of Arabidopsis thaliana.2000 · DOI: 10.1073/pnas.97.12.6451 Antisense and chemical suppression of the nonmevalonate pathway affects ent-kaurene biosynthesis in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1007/s00425-002-0762-0 Chloroplast localization of methylerythritol 4-phosphate pathway enzymes and regulation of mitochondrial genes in ispD and ispE albino mutants in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9297-5

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0887000`	色素体非甲羟戊酸(MEP)途径异戊二烯生物合成酶，催化由CTP和2-C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(MEP)生成4-二磷酸胞苷-2-C-甲基-D-赤藓糖醇的反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016719 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0050518 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G02500

cca:CCA_00162

cpa:CP_0169

cpj:yacM

cpn:CPn_0579

cpt:CpB0603

dosa:Os01g0887000

pcu:PC_RS01595

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.972

排名 1 · LXL04_016719 · OH-1004

线粒体0.040

排名 2 · LXL04_016719 · OH-1004

细胞质0.032

排名 3 · LXL04_016719 · OH-1004

细胞核0.029

排名 4 · LXL04_016719 · OH-1004

过氧化物酶体0.020

排名 5 · LXL04_016719 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01128.26IspD94-314 aa

PF12804.14NTP_transf_396-183 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016719	`PF01128.26`	IspD	94	314	1.8e-53	182.3
LXL04_016719	`PF12804.14`	NTP_transf_3	96	183	1.7e-08	35.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P69834`	拟南芥	2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic	67.203%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5N8G1`	水稻	2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic	69.767%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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