LXL04_016680 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016680

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 130711102-130717002 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2076 bp · LXL04_016680|LXL04_016680|OH1004|cDNA

ATGGGCGGAAAACAGGGTTCGATCATTGTTCATGTCGGCATTGTGTTGTTTACGATTTGGTTACTTTCTTCCTTCGATTACTGCCACCCACTTGCTTACTTCCTTTCTTTCATCTATCTCTACCTGGTTCATGATCGTTATGCAATGAGATTGAGAAGAAAGATACAATTTGAGGAAAGAAAACAGGCAAATCAAAAGAGGGTACTTTCGGATTCTGAATCCGTAAGGTGGTTAAATCATACGATTGAAAGAATTTGGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2076 bp · LXL04_016680|LXL04_016680|OH1004|CDS

ATGGGCGGAAAACAGGGTTCGATCATTGTTCATGTCGGCATTGTGTTGTTTACGATTTGGTTACTTTCTTCCTTCGATTACTGCCACCCACTTGCTTACTTCCTTTCTTTCATCTATCTCTACCTGGTTCATGATCGTTATGCAATGAGATTGAGAAGAAAGATACAATTTGAGGAAAGAAAACAGGCAAATCAAAAGAGGGTACTTTCGGATTCTGAATCCGTAAGGTGGTTAAATCATACGATTGAAAGAATTTGGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

691 aa · LXL04_016680|LXL04_016680|OH1004|PROTEIN

MGGKQGSIIVHVGIVLFTIWLLSSFDYCHPLAYFLSFIYLYLVHDRYAMRLRRKIQFEERKQANQKRVLSDSESVRWLNHTIERIWPICMEEIVSQKILLPIIPWFLQKYKPWTVKEAVVQNIYLGRSPPMFTDMRVCRQSTGDDHLVLELGMNFRTAEDMNAILAVKLTKRLGFGMWAKMHLTGMHVEGKVLVGVKFLPNWPFIGRLRVCFVEPPYFQLTVKPIFAHGLDVTELPGIAGWLDKLLTLAFEETLVEPNML...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016680`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016680

位置 Chr03:130711102-130717002 (-)

描述 Similar to NTMC2T6.1: C2 domain-containing protein At1g53590

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g53590`	含C2结构域的蛋白At1g53590。	暂无已核实直接文献
`At5g11100`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献
`At2g20990`	在冰冻和渗透胁迫期间维持质膜完整性中起重要作用。	Arabidopsis synaptotagmin 1 is required for the maintenance of plasma membrane integrity and cell viability.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.063859 Calcium-dependent freezing tolerance in Arabidopsis involves membrane resealing via synaptotagmin SYT1.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.062679 Arabidopsis synaptotagmin SYTA regulates endocytosis and virus movement protein cell-to-cell transport.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0909080107 Arabidopsis synaptotagmin SYT1, a type I signal-anchor protein, requires tandem C2 domains for delivery to the plasma membrane.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m109.084046

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016680 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006612 protein targeting to membrane 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0046740 transport of virus in host, cell to cell 生物过程

GO:0061817 endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53590

ath:AT2G20990

ath:AT5G11100

mmu:272636

xtr:496831

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.557

排名 1 · LXL04_016680 · OH-1004

细胞质0.158

排名 2 · LXL04_016680 · OH-1004

内质网0.139

排名 3 · LXL04_016680 · OH-1004

细胞核0.123

排名 4 · LXL04_016680 · OH-1004

高尔基体0.090

排名 5 · LXL04_016680 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25669.2SMP_MUG190-like73-146 aa

PF25669.2SMP_MUG190-like187-268 aa

PF00168.37C2289-386 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016680	`PF25669.2`	SMP_MUG190-like	73	146	1.5e-16	61.3
LXL04_016680	`PF25669.2`	SMP_MUG190-like	187	268	1.5e-16	61.3
LXL04_016680	`PF00168.37`	C2	289	386	5.3e-21	75.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93XX4`	拟南芥	C2 domain-containing protein At1g53590	58.476%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A0JJX5`	拟南芥	Synaptotagmin-4	25.836%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SKR2`	拟南芥	Synaptotagmin-1	26.087%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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