LXL04_016666 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016666

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 130396381-130398282 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1143 bp · LXL04_016666|LXL04_016666|OH1004|cDNA

ATGGTGAAAAGCAGCCAAGAAGGGGGGAATTGTAAGAAGTATGGTGTTCCTTTCTATGGTGCTTCCTTTATCCCCCGCAATGTTATCAAATCTGAAGATAAAGATAAAGATAAAGATGATGTTGTTAGTGATGATGATGGATCTAAGTATGTGGTTTTTTCCGGAGGTGGTGGTGAAGGTCGGAGTGGAATCCCTAATGCCCTCATCATCTCCCTCTTCCATTCCCCTTCCAATTCCCTTTCCGATGAACCAGTGAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1143 bp · LXL04_016666|LXL04_016666|OH1004|CDS

ATGGTGAAAAGCAGCCAAGAAGGGGGGAATTGTAAGAAGTATGGTGTTCCTTTCTATGGTGCTTCCTTTATCCCCCGCAATGTTATCAAATCTGAAGATAAAGATAAAGATAAAGATGATGTTGTTAGTGATGATGATGGATCTAAGTATGTGGTTTTTTCCGGAGGTGGTGGTGAAGGTCGGAGTGGAATCCCTAATGCCCTCATCATCTCCCTCTTCCATTCCCCTTCCAATTCCCTTTCCGATGAACCAGTGAACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

380 aa · LXL04_016666|LXL04_016666|OH1004|PROTEIN

MVKSSQEGGNCKKYGVPFYGASFIPRNVIKSEDKDKDKDDVVSDDDGSKYVVFSGGGGEGRSGIPNALIISLFHSPSNSLSDEPVNKFETGDELPYRMAVHPGGEGVICSLPKSCRWYEWEVSKEEDELKVSLIESEKVLYELEHIGQQLAVTFNHDGSLLAVGGEDGKLRAFKWPSMESLIDIPDAHSSVKNLDFSPDGKFLVSVGSGGPGRVWDTSSSTNKASLPKENDEVFGFCKFSHDTLNNEFLYITAMRDRGGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016666`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016666

位置 Chr03:130396381-130398282 (-)

描述 Similar to STL2P: SEC12-like protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01470`	内质网运输囊泡形成或出芽所需的。	Fission yeast and a plant have functional homologues of the Sar1 and Sec12 proteins involved in ER to Golgi traffic in budding yeast.1992 · DOI: 10.1002/j.1460-2075.1992.tb05514.x
`At3g52190`	可能促进 PHT1-1/PHT1;1 从内质网向质膜的运输，参与无机磷酸盐吸收。	PHOSPHATE TRANSPORTER TRAFFIC FACILITATOR1 is a plant-specific SEC12-related protein that enables the endoplasmic reticulum exit of a high-affinity phosphate transporter in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.036640

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016666 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003400 regulation of COPII vesicle coating 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006817 phosphate ion transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0042953 lipoprotein transport 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048208 COPII vesicle coating 生物过程

GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01470

ath:AT3G52190

hsa:10113

mmu:50907

rno:58842

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.351

排名 1 · LXL04_016666 · OH-1004

细胞核0.242

排名 2 · LXL04_016666 · OH-1004

细胞质0.206

排名 3 · LXL04_016666 · OH-1004

高尔基体0.125

排名 4 · LXL04_016666 · OH-1004

细胞膜0.125

排名 5 · LXL04_016666 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC3122-242 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd123-223 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st125-225 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5129-242 aa

PF23393.3Beta-prop_WDR90_POC16_2nd130-220 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd131-206 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2135-222 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st148-240 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016666	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	122	242	1.4e-19	70.8
LXL04_016666	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	123	223	4.9e-11	43.1
LXL04_016666	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	125	225	5.5e-17	62.7
LXL04_016666	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	129	242	3.2e-18	66.7
LXL04_016666	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	130	220	1.7e-09	38.1
LXL04_016666	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	131	206	2.1e-12	47.7
LXL04_016666	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	135	222	2.1e-19	70.7
LXL04_016666	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	148	240	1.5e-17	64.6
LXL04_016666	`PF24814.2`	WD40_Prp19	149	207	9.6e-16	58.4
LXL04_016666	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	151	334	5e-18	66.0
LXL04_016666	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	151	227	7.3e-12	45.9
LXL04_016666	`PF24796.2`	WDR55	151	294	9.2e-10	38.8
LXL04_016666	`PF24805.2`	EIF3I	152	351	1.1e-06	28.7
LXL04_016666	`PF24814.2`	WD40_Prp19	188	342	9.6e-16	58.4
LXL04_016666	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	200	340	1.7e-08	34.9
LXL04_016666	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	230	351	7.3e-12	45.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39221`	拟南芥	SEC12-like protein 2	49.864%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GYE0`	拟南芥	SEC12-like protein 1	29.841%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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