LXL04_016216 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016216

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 115496936-115501149 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3318 bp · LXL04_016216|LXL04_016216|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTTCTTCAACTTCATCTGTTCCTAAGATCTTTAAATATGATGTATTTCTGAGTTTTAGAGGTGAAGACACTCGTACAAACTTCACTGATCATCTTTATGATGCTCTTAAGCGAAAAGGCATTTTTACATACAAGGATGATGAGGCAATCAGAAAGGGAAACTTGATCAGCGATGAGCTGATCCAATCTATTGAAGACTCAAGATTCTATATCATAGTTTTCTCAAAGAACTATGCATCTTCCCGTTGGTGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3318 bp · LXL04_016216|LXL04_016216|OH1004|CDS

ATGGCGTCTTCTTCAACTTCATCTGTTCCTAAGATCTTTAAATATGATGTATTTCTGAGTTTTAGAGGTGAAGACACTCGTACAAACTTCACTGATCATCTTTATGATGCTCTTAAGCGAAAAGGCATTTTTACATACAAGGATGATGAGGCAATCAGAAAGGGAAACTTGATCAGCGATGAGCTGATCCAATCTATTGAAGACTCAAGATTCTATATCATAGTTTTCTCAAAGAACTATGCATCTTCCCGTTGGTGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1105 aa · LXL04_016216|LXL04_016216|OH1004|PROTEIN

MASSSTSSVPKIFKYDVFLSFRGEDTRTNFTDHLYDALKRKGIFTYKDDEAIRKGNLISDELIQSIEDSRFYIIVFSKNYASSRWCLDELVKIMEYQKTIEHTAYPVFYDVEPTEVRKQIGAVGKAFAKHKRDKAARRWKEALKEAADLAGWELKKTANGHEAEFIQIIVEDISKCLPSNNYCFDEKLVGMETRVKNVISYLEMDIDDVTMVGIKGIGGGGKTTLARVVYDQISFQFEGICFVDNVRENSKASVYGLASL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016216`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016216

位置 Chr03:115496936-115501149 (+)

描述 Similar to RPV1: Disease resistance protein RPV1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16950`	TIR-NB-LRR 类受体蛋白，可赋予拟南芥病原体 Hyaloperonospora arabidopsis 分离株 Noco2（霜霉病）的抗性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016216 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.444

排名 1 · LXL04_016216 · OH-1004

细胞核0.275

排名 2 · LXL04_016216 · OH-1004

细胞膜0.266

排名 3 · LXL04_016216 · OH-1004

内质网0.101

排名 4 · LXL04_016216 · OH-1004

细胞外0.055

排名 5 · LXL04_016216 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR14-177 aa

PF13676.12TIR_217-113 aa

PF00931.29NB-ARC192-365 aa

PF23282.2WHD_ROQ1433-503 aa

PF23598.2LRR_14830-907 aa

PF23598.2LRR_14905-1040 aa

PF13855.13LRR_8938-994 aa

PF23952.2LRR_EndoS965-1041 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016216	`PF01582.26`	TIR	14	177	3.3e-49	167.8
LXL04_016216	`PF13676.12`	TIR_2	17	113	1.6e-14	55.1
LXL04_016216	`PF00931.29`	NB-ARC	192	365	1.9e-21	77.1
LXL04_016216	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	433	503	2e-15	57.4
LXL04_016216	`PF23598.2`	LRR_14	830	907	2.1e-17	63.6
LXL04_016216	`PF23598.2`	LRR_14	905	1040	2.1e-17	63.6
LXL04_016216	`PF13855.13`	LRR_8	938	994	3.1e-16	59.6
LXL04_016216	`PF23952.2`	LRR_EndoS	965	1041	1.7e-08	35.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JNB7`	拟南芥	Disease resistance protein RPP5	31.923%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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