LXL04_016199 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016199

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 115003786-115005199 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

660 bp · LXL04_016199|LXL04_016199|OH1004|cDNA

ATGGGTATCTCTCGTGATTCTATGCACAAAAGACGTGCCACTGGAGGCAAGAAGAAGGCGTGGAGAAAGAAGCGAAAGTACGAGCTCGGAAGACAGCCAGCAAACACCAAAATCTCGAGCAACAAGACTGTTCGAAGAGTTAGGGTTCGTGGTGGCAACGTCAAGTGGCGTGCATTGAGGTTAGACACAGGAAACTACTCATGGGGAAGCGAGGCCGTTACCAGAAAGACACGTATCCTGGATGTGGTTTACAATGCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

660 bp · LXL04_016199|LXL04_016199|OH1004|CDS

ATGGGTATCTCTCGTGATTCTATGCACAAAAGACGTGCCACTGGAGGCAAGAAGAAGGCGTGGAGAAAGAAGCGAAAGTACGAGCTCGGAAGACAGCCAGCAAACACCAAAATCTCGAGCAACAAGACTGTTCGAAGAGTTAGGGTTCGTGGTGGCAACGTCAAGTGGCGTGCATTGAGGTTAGACACAGGAAACTACTCATGGGGAAGCGAGGCCGTTACCAGAAAGACACGTATCCTGGATGTGGTTTACAATGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

219 aa · LXL04_016199|LXL04_016199|OH1004|PROTEIN

MGISRDSMHKRRATGGKKKAWRKKRKYELGRQPANTKISSNKTVRRVRVRGGNVKWRALRLDTGNYSWGSEAVTRKTRILDVVYNASNNELVRTQTLVKSAIVQVDAAPFKQWYLQHYGVDIGRKKKAPVSATKKEGEEIEGATEETKKSNHVVRKLEKRQEERKLDAHVEEQFSSGRLLAAISSRPGQCGRADGYILEGKELEFYMKKLQKKKGKGAA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016199`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016199

位置 Chr03:115003786-115005199 (+)

描述 Similar to RPS8: 40S ribosomal protein S8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g59240`	小核糖体亚基蛋白eS8y。	暂无已核实直接文献
`At5g20290`	小核糖体亚基蛋白 eS8z。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0489400`	小核糖体亚基蛋白 eS8。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016199 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0042255 ribosome assembly 生物过程

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0022627 cytosolic small ribosomal subunit 细胞组分

GO:0043253 chloroplast ribosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G20290

ath:AT5G59240

dosa:Os02g0489400

zma:103654826

zma:103654828

zma:542341

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.866

排名 1 · LXL04_016199 · OH-1004

细胞核0.233

排名 2 · LXL04_016199 · OH-1004

内质网0.106

排名 3 · LXL04_016199 · OH-1004

线粒体0.017

排名 4 · LXL04_016199 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_016199 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01201.28Ribosomal_S8e5-198 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016199	`PF01201.28`	Ribosomal_S8e	5	198	4.4e-53	179.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FIF3`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein eS8y	85.024%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93VG5`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein eS8z	80.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P49199`	水稻	Small ribosomal subunit protein eS8	89.498%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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