LXL04_016148 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016148

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 112248632-112250779 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2148 bp · LXL04_016148|LXL04_016148|OH1004|cDNA

ATGGCATCTTCACACAACACCACAATCGAATTCCAATCTTTCCCTCCCCACAACTTCACCCTCCTCGGTGACTCCTACCTCCGTCACGGCGTCGCCGGACTCACTCTCGAATCCAACTTACTCGCATCTTCCTCCGGCACCATCATGTACACCACACCAGTCCGTTTCTCCAGCAACCGTACCAACTCTTCCGCTTCATTCTCCACAAGATTCTCCTTCTCCATTGTGAACCTCAACCCTTTATCCCCCGTCGGCGACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2148 bp · LXL04_016148|LXL04_016148|OH1004|CDS

ATGGCATCTTCACACAACACCACAATCGAATTCCAATCTTTCCCTCCCCACAACTTCACCCTCCTCGGTGACTCCTACCTCCGTCACGGCGTCGCCGGACTCACTCTCGAATCCAACTTACTCGCATCTTCCTCCGGCACCATCATGTACACCACACCAGTCCGTTTCTCCAGCAACCGTACCAACTCTTCCGCTTCATTCTCCACAAGATTCTCCTTCTCCATTGTGAACCTCAACCCTTTATCCCCCGTCGGCGACGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

715 aa · LXL04_016148|LXL04_016148|OH1004|PROTEIN

MASSHNTTIEFQSFPPHNFTLLGDSYLRHGVAGLTLESNLLASSSGTIMYTTPVRFSSNRTNSSASFSTRFSFSIVNLNPLSPVGDGLTFFISPENRTLGSPGGYLGLVDSSRLTKNKFIAIEYDTRMDPHFNDPNDNHVGLDIDSLNSIKTADCMDAGIDLRTGISFTSWIDYDHGQKNLKVFLTRSRFKPGNPLLNMDIDLSSYFQEHMYLGFSASTEGSTETHLIKNWKFKSYGVEYFNPRINNPHSVTDNTVITSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016148`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016148

位置 Chr03:112248632-112250779 (-)

描述 Similar to LECRKS7: Probable L-type lectin-domain containing receptor kinase S.7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55830`	参与对病原卵菌马铃薯晚疫病菌和辣椒晚疫病菌的抗性反应。	暂无已核实直接文献
`At5g03140`	参与对病原卵菌马铃薯晚疫病菌和辣椒晚疫病菌的抗性反应。	暂无已核实直接文献
`At3g53380`	含 L 型凝集素结构域的受体激酶 VIII.1。	暂无已核实直接文献
`At5g42120`	参与对病原性卵菌 Phytophthora infestans 和 Phytophthora capsici 以及病原性细菌 Pseudomonas syringae 的抗性反应。	暂无已核实直接文献
`At3g55550`	参与对病原性卵菌 Phytophthora infestans 和 Phytophthora capsici 以及病原性细菌 Pseudomonas syringae 的抗性反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016148 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G53380

ath:AT3G55550

ath:AT5G03140

ath:AT5G42120

ath:AT5G55830

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.788

排名 1 · LXL04_016148 · OH-1004

细胞质0.105

排名 2 · LXL04_016148 · OH-1004

内质网0.088

排名 3 · LXL04_016148 · OH-1004

细胞核0.080

排名 4 · LXL04_016148 · OH-1004

溶酶体／液泡0.035

排名 5 · LXL04_016148 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00139.27Lectin_legB10-237 aa

PF18483.9Lectin_L-type_dom57-229 aa

PF00069.32Pkinase336-560 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr339-607 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016148	`PF00139.27`	Lectin_legB	10	237	1.7e-58	198.8
LXL04_016148	`PF18483.9`	Lectin_L-type_dom	57	229	3.3e-08	34.4
LXL04_016148	`PF00069.32`	Pkinase	336	560	3.9e-45	155.0
LXL04_016148	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	339	607	5.8e-44	151.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FHG4`	拟南芥	Probable L-type lectin-domain containing receptor kinase S.7	56.777%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LYX1`	拟南芥	L-type lectin-domain containing receptor kinase VIII.2	45.073%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LFH9`	拟南芥	L-type lectin-domain containing receptor kinase VIII.1	43.881%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FHX3`	拟南芥	L-type lectin-domain containing receptor kinase S.6	38.235%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M2S4`	拟南芥	L-type lectin-domain containing receptor kinase S.4	40.836%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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