LXL04_016122 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016122

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 111296753-111301351 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3813 bp · LXL04_016122|LXL04_016122|OH1004|cDNA

ATGGCTTCCCCTGGAAACCAGAACCAACAACTAGGTGGAGGACCATTCGATGTTCAAAGATTATTCAATCCTTCTTCTTCCCCACCACCAATCACAACAAACCCTAATACCACCTTCCAAAACCCTAACATCCCTTATCCTCCACCATCATCTGCCGCCTCGTATCCTCCACCCACCGTCACCGGTGCGCTTTACTCATACTCTCCTCAAACTAACCCTATTTACCACCCTCAATTTCATATCCCGTCACCCCCTTTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3813 bp · LXL04_016122|LXL04_016122|OH1004|CDS

ATGGCTTCCCCTGGAAACCAGAACCAACAACTAGGTGGAGGACCATTCGATGTTCAAAGATTATTCAATCCTTCTTCTTCCCCACCACCAATCACAACAAACCCTAATACCACCTTCCAAAACCCTAACATCCCTTATCCTCCACCATCATCTGCCGCCTCGTATCCTCCACCCACCGTCACCGGTGCGCTTTACTCATACTCTCCTCAAACTAACCCTATTTACCACCCTCAATTTCATATCCCGTCACCCCCTTTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1270 aa · LXL04_016122|LXL04_016122|OH1004|PROTEIN

MASPGNQNQQLGGGPFDVQRLFNPSSSPPPITTNPNTTFQNPNIPYPPPSSAASYPPPTVTGALYSYSPQTNPIYHPQFHIPSPPFQPDNPMPSSNLQHQRSVPYPTPPLQPPSPNSNPNPNHGARLMALLSAPPPTTVDNSSQSSIPMPQPTNPMNPSSLVPTWHSGSGSLQVPSSKLPKGRHLSGDRVSYDIDARLPGEVQPQLEVTPITKYGSDPGLVVGRQIAVNKAYICYGLKLGAIRVLNIHTALRSLLKGLSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016122`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016122

位置 Chr03:111296753-111301351 (-)

描述 Similar to VCR: Varicose-related protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13290`	作为去帽复合物的组成部分，可能在mRNA降解中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g13300`	作为脱帽复合物的组成部分，参与 mRNA 的降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016122 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

GO:0000290 deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0007186 G protein-coupled receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010071 root meristem specification 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0031087 deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G13290

ath:AT3G13300

hsa:23644

mmu:234699

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.613

排名 1 · LXL04_016122 · OH-1004

细胞核0.225

排名 2 · LXL04_016122 · OH-1004

高尔基体0.183

排名 3 · LXL04_016122 · OH-1004

溶酶体／液泡0.109

排名 4 · LXL04_016122 · OH-1004

细胞膜0.107

排名 5 · LXL04_016122 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16529.12Ge1_WD40208-521 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st240-343 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz371-460 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5372-458 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st376-455 aa

PF21289.4EDC4_C1140-1245 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016122	`PF16529.12`	Ge1_WD40	208	521	7e-19	68.7
LXL04_016122	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	240	343	1e-10	42.0
LXL04_016122	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	371	460	1.9e-10	41.3
LXL04_016122	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	372	458	9e-10	39.0
LXL04_016122	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	376	455	4.2e-10	40.4
LXL04_016122	`PF21289.4`	EDC4_C	1140	1245	9.1e-19	68.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LTT9`	拟南芥	Varicose-related protein	50.719%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LTT8`	拟南芥	Enhancer of mRNA-decapping protein 4	50.685%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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