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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_015964
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 100769997-100774590 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1326 bp · LXL04_015964|LXL04_015964|OH1004|cDNA

ATGGAGGATAAAATGATCCCAATTTCTGAACACAATGAAACGATGAAAGATGTGCCAATGTTGATGGAAATTCCGCCAAACGCTCCAACGATGGCGGAAGACAACAGGACGCATGGCAAATCTCAAGAGTTGGTGGTCTGGATCCTAGCTACCCCCGCATCAATCGCACAAGCTCGGAGCATGTTTATAGAAATGGCTGACTCTGAGGATATTCAGCCCCTTGTTTTTGACATTGGATCCGGAATGGTGAAGGCAGGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1326 bp · LXL04_015964|LXL04_015964|OH1004|CDS

ATGGAGGATAAAATGATCCCAATTTCTGAACACAATGAAACGATGAAAGATGTGCCAATGTTGATGGAAATTCCGCCAAACGCTCCAACGATGGCGGAAGACAACAGGACGCATGGCAAATCTCAAGAGTTGGTGGTCTGGATCCTAGCTACCCCCGCATCAATCGCACAAGCTCGGAGCATGTTTATAGAAATGGCTGACTCTGAGGATATTCAGCCCCTTGTTTTTGACATTGGATCCGGAATGGTGAAGGCAGGGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

441 aa · LXL04_015964|LXL04_015964|OH1004|PROTEIN

MEDKMIPISEHNETMKDVPMLMEIPPNAPTMAEDNRTHGKSQELVVWILATPASIAQARSMFIEMADSEDIQPLVFDIGSGMVKAGFAGDDAPRAVYPNIVGRARHTGVMVGMGYKDAYVGDEAMSRSGILTLKYPIENGIVSNWDDMEKVWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQVMFETFNVPAMYVAIGAVLTLYASGRTTGVVLDSGDGVTHTIPIYRGYALPHAILRLNLAGCDLTDYLMRTLT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_015964
TK1151 IDTkA02G271500
OH-1004 IDLXL04_015964
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 66.667
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_015964
位置Chr03:100769997-100774590 (+)
描述Similar to ACT11: Actin-11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g12110 肌动蛋白是高度保守的蛋白，参与各种类型的细胞运动，并在所有真核细胞中普遍表达。 暂无已核实直接文献
At5g09810 肌动蛋白是高度保守的蛋白质，参与各种类型的细胞运动，并在所有真核细胞中普遍表达。
One plant actin isovariant, ACT7, is induced by auxin and required for normal callus formation.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010026
A Framework for Lateral Membrane Trafficking and Polar Tethering of the PEN3 ATP-Binding Cassette Transporter.2016 · DOI: 10.1104/pp.16.01252

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0718100 肌动蛋白是高度保守的蛋白，参与各种类型的细胞运动，并在所有真核细胞中普遍表达。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2XLF2 肌动蛋白是高度保守的蛋白，参与各种类型的细胞运动，并在所有真核细胞中普遍表达。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015964 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程
GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048767 root hair elongation 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G12110
ath:AT5G09810
dosa:Os03g0718100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.670
排名 1 · LXL04_015964 · OH-1004
细胞核0.326
排名 2 · LXL04_015964 · OH-1004
细胞膜0.148
排名 3 · LXL04_015964 · OH-1004
线粒体0.042
排名 4 · LXL04_015964 · OH-1004
高尔基体0.040
排名 5 · LXL04_015964 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00022.27Actin69-441 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_015964PF00022.27Actin694418.9e-138460.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P53496拟南芥Actin-1186.737%Swiss-Prot强数据库同源证据
P53492拟南芥Actin-787.268%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q10DV7水稻Actin-186.207%Swiss-Prot强数据库同源证据
A2XLF2水稻Actin-186.207%Swiss-Prot强数据库同源证据

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