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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_015711
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 81291529-81294057 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2061 bp · LXL04_015711|LXL04_015711|OH1004|cDNA

ATGGTCTCCGCCACCATCAATACCCTCGCCTCGCTGCTTCAATCAGCCGTCTCATCCCGTTCCTCCGTCGTTGGTCGGGCAACGCACGCCAGGATCATCAAAACCATTGACTTTCCCTTTCCTACCTTCATCTGCAACCATCTCGTAAACATGTATTCCAAGCTCGACCTCCTCCATTCAGCCGAACTCCTGCTCTCTCTCATGCCTGCACAAGATCGTTCCGTCGTTACCTGGACCGCCCTCATTTCCGGCTCTGTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2061 bp · LXL04_015711|LXL04_015711|OH1004|CDS

ATGGTCTCCGCCACCATCAATACCCTCGCCTCGCTGCTTCAATCAGCCGTCTCATCCCGTTCCTCCGTCGTTGGTCGGGCAACGCACGCCAGGATCATCAAAACCATTGACTTTCCCTTTCCTACCTTCATCTGCAACCATCTCGTAAACATGTATTCCAAGCTCGACCTCCTCCATTCAGCCGAACTCCTGCTCTCTCTCATGCCTGCACAAGATCGTTCCGTCGTTACCTGGACCGCCCTCATTTCCGGCTCTGTCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

686 aa · LXL04_015711|LXL04_015711|OH1004|PROTEIN

MVSATINTLASLLQSAVSSRSSVVGRATHARIIKTIDFPFPTFICNHLVNMYSKLDLLHSAELLLSLMPAQDRSVVTWTALISGSVQNGHFSSAILHFRNMHHDSIPPNDFTFPCAFKACNSLRSPVTGRQLHGLSIKAGQIHDVFVGCSAFDMYSKLGLKDDANKMFDEMPEKNLATWNAYISNAVLDGKPRKAIDAFIQSRRLGGEPSSITFCVVLNACSDALNLQIGKQVHGFVIRYGYEHHVSVANGLIDFYGKCK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_015711
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_015711
位置Chr03:81291529-81294057 (+)
描述Similar to LOI1: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14850
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g14850 作为类异戊二烯生物合成的调节因子。
Lovastatin insensitive 1, a Novel pentatricopeptide repeat protein, is a potential regulatory factor of isoprenoid biosynthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm005
At5g09950 推测为含有五聚重复肽的蛋白质At5g09950。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g12770 含有五肽重复序列的蛋白质At3g12770。 暂无已核实直接文献
At3g24000 含五螺旋重复的线粒体蛋白 At3g24000。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015711 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016125 sterol metabolic process 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0019287 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway 生物过程
GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0000166 nucleotide binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT4G14850
ath:AT5G09950
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.585
排名 1 · LXL04_015711 · OH-1004
质体0.252
排名 2 · LXL04_015711 · OH-1004
细胞核0.059
排名 3 · LXL04_015711 · OH-1004
细胞质0.036
排名 4 · LXL04_015711 · OH-1004
过氧化物酶体0.006
排名 5 · LXL04_015711 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_274-120 aa
PF13041.13PPR_2175-222 aa
PF01535.27PPR351-377 aa
PF13041.13PPR_2377-409 aa
PF13812.13PPR_3377-425 aa
PF01535.27PPR379-405 aa
PF20431.5E_motif496-557 aa
PF14432.13DYW_deaminase594-686 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_015711PF13041.13PPR_2741202.1e-45153.3
LXL04_015711PF13041.13PPR_21752222.1e-45153.3
LXL04_015711PF01535.27PPR3513771.7e-44147.7
LXL04_015711PF13041.13PPR_23774092.1e-45153.3
LXL04_015711PF13812.13PPR_33774254.3e-2175.5
LXL04_015711PF01535.27PPR3794051.7e-44147.7
LXL04_015711PF20431.5E_motif4965579.7e-2174.5
LXL04_015711PF14432.13DYW_deaminase5946863.2e-36123.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WSH6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1485062.903%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FIB2拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0995040.030%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q3E6Q1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic38.612%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LTV8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1277037.113%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LIQ7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial39.587%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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