LXL04_015692 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015692

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 80517812-80521867 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2256 bp · LXL04_015692|LXL04_015692|OH1004|cDNA

ATGAAGCGAGGGTTCGAATCAGTCGAAATATCAGACGACGAATGGTCAAACCACGATTTCGATTCTTCCCGAATTCTCAATAAACCCTCTTCCAGAATCCCTCCACCACCAATCGAGTCTTTCGCTTTCAGAAGCGGAGGCAAACAAGGAGGAACACCGTCTACTTCGAAACCGTCCTTTGACTACTCCTCGGACTCCTCTGACTGTGTTGAAGTCATCAAAGATGGAGCTCAACATGCACTTGAAAGTTTGGAGGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2256 bp · LXL04_015692|LXL04_015692|OH1004|CDS

ATGAAGCGAGGGTTCGAATCAGTCGAAATATCAGACGACGAATGGTCAAACCACGATTTCGATTCTTCCCGAATTCTCAATAAACCCTCTTCCAGAATCCCTCCACCACCAATCGAGTCTTTCGCTTTCAGAAGCGGAGGCAAACAAGGAGGAACACCGTCTACTTCGAAACCGTCCTTTGACTACTCCTCGGACTCCTCTGACTGTGTTGAAGTCATCAAAGATGGAGCTCAACATGCACTTGAAAGTTTGGAGGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

751 aa · LXL04_015692|LXL04_015692|OH1004|PROTEIN

MKRGFESVEISDDEWSNHDFDSSRILNKPSSRIPPPPIESFAFRSGGKQGGTPSTSKPSFDYSSDSSDCVEVIKDGAQHALESLEDDDFGEAPSTTIENRGRRFVIDDEDDEVVEDDAIDLGGEEDGDSEDLGFGEDVEGSDDIVGKALHKCSKLSTELRKELYGSSSTDACDRYAEVESSSVRIVTNDDICEACGMEDSGFQPVLKPYQLVGVNFLMLLYRKKVAGAILADEMGLGKTIQAITYLMLLNHLEDDPGPHL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015692`
TK1151 ID	TkA02G300310
OH-1004 ID	LXL04_015692
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015692

位置 Chr03:80517812-80521867 (+)

描述 Similar to ETL1: Protein CHROMATIN REMODELING 19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g02090`	具有内在 ATP 依赖核小体重塑活性的 DNA 解旋酶，并且对于 DNA 修复和异染色质的组织都是必需的。	SUVR2 is involved in transcriptional gene silencing by associating with SNF2-related chromatin-remodeling proteins in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/cr.2014.156

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015692 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000018 regulation of DNA recombination 生物过程

GO:0000729 DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0051304 chromosome separation 生物过程

GO:0071494 cellular response to UV-C 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0000792 heterochromatin 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G02090

dre:563175

hsa:56916

xtr:548414

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.896

排名 1 · LXL04_015692 · OH-1004

细胞质0.184

排名 2 · LXL04_015692 · OH-1004

线粒体0.033

排名 3 · LXL04_015692 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 4 · LXL04_015692 · OH-1004

内质网0.014

排名 5 · LXL04_015692 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851.22ResIII206-379 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom209-506 aa

PF00270.36DEAD229-382 aa

PF00271.38Helicase_C579-689 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015692	`PF04851.22`	ResIII	206	379	8e-07	29.8
LXL04_015692	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	209	506	9.7e-67	225.8
LXL04_015692	`PF00270.36`	DEAD	229	382	1.2e-06	29.1
LXL04_015692	`PF00271.38`	Helicase_C	579	689	6.6e-24	85.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUL5`	拟南芥	Protein CHROMATIN REMODELING 19	68.966%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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